Cancel Submit feedback Saved searches Use saved searches to filter your results more quickly Cancel Create saved search Sign in Sign up Reseting focus {{ message }} alexpreynolds / kmer-counter Public Notifications You must be signed in to change notification settings Fork 5 ...
Turtle MSPKmerCounter KCMBT 这些工具对于长度大于32的kmer, 性能都没有Gerbil好。对于hg38基因组,各个软件的运行速度比较如下 随着kmer长度的增加,Gerbil 的运行时间始终是最快的,其中的gGerbil代表GPU加速版的Gerbil。 软件的github链接如下 https://github.com/uni-halle/gerbil 安装过程如下 代码语言:javascript ...
Simple kmer counter using Bloom filter and efficient hash function Resources Readme License AGPL-3.0 license Activity Custom properties Stars 2 stars Watchers 4 watching Forks 1 fork Report repository Releases 2 kmercount 0.0.2 Latest May 2, 2024 + 1 release Languages C++ 87.1% C...
DSK KMC Turtle MSPKmerCounter KCMBT 这些工具对于长度大于32的kmer, 性能都没有Gerbil好。对于hg38基因组,各个软件的运行速度比较如下 随着kmer长度的增加,Gerbil 的运行时间始终是最快的,其中的gGerbil代表GPU加速版的Gerbil。 软件的github链接如下 https://github.com/uni-halle/gerbi...
-c |--counter-len=<num> default:7, k-mer的计数结果所占的比特数,默认支持的最大数字是2^7=128。对于基因组测序覆盖度为N,则要使设置的该值要大于N。该值越大,消耗内存越大; 值得注意的是,我们的下机数据通常都是*fq.gz压缩文件,这个时候通过zcat命令及管道符“|”进行计算,一定要保留/dev/fd/0 ...
-c |--counter-len=<num> default:7, k-mer的计数结果所占的比特数,默认支持的最大数字是2^7=128。对于基因组测序覆盖度为N,则要使设置的该值要大于N。该值越大,消耗内存越大; 值得注意的是,我们的下机数据通常都是*fq.gz压缩文件,这个时候通过zcat命令及管道符“|”进行计算,一定要保留/dev/fd/0 ...
Jellyfish : A fast k-mer counterMarcais, G
dumau 名字Eduardo Wolkmer 年龄21 岁 国家巴西 战队LGC 收入$67K 全部游戏109 /416 玩家参数 Created with Highcharts 5.0.2指数力量ADRKPRHSDPRKAST经验 指数力量ADRKPR 91%201840.75 HSDPRKAST经验 42%0.6971%40% dumau 最后赛事 1 2 3 » zh
speedCounter.H /usr/include/kmer/util/splitToWords.H /usr/include/kmer/util/sweatShop.H /usr/include/kmer/util/uint32List.H /usr/include/kmer/util/unaryEncoding.h /usr/include/kmer/util/util++.H /usr/include/kmer/util/util.h /usr/lib/riscv64-linux-gnu/kmer/libmt19937ar.a /usr/lib...
编辑-我将使用collections.Counter来计算列中的“kmer”,因为您不需要首先构造一个包含所有零的字典。如果尝试访问计数器中的non-existentkey-value对,默认情况下它将返回零: from collections import Counter from itertools import product seqs = """CAGGTAGCCA CCGGTCAGAT AGGGTTTGAT TTGGTGAGGC CAAGTATGAG ACT...