通过某些方法(如差异基因、相关基因等)获得一批基因后,可以进行功能富集分析(包括GO和KEGG富集分析),以了解这些基因的主要功能和涉及信号通路有哪些。 本文用clusterProfiler包KEGG信号通路富集分析,分别用enrichplot、ggplot2、pathview包绘制相关的图(柱状图、点状图、热图、网络图、通路图) 1用DOSE包里的基因list为例 ...
首先，通过DOSE包获取100个基因的EntrezID列表，然后利用clusterProfiler包进行KEGG信号通路富集分析。分析结果会以txt文件形式输出，需要特别注意文件中的geneID是EntrezID。在获取富集结果后，可以通过enrichplot包将这些信息以图形形式展示出来。使用barplot绘图可以直观地展示KEGG富集情况，得到的pdf格式绘图有助...
1. 富集分析与绘图首先，从DOSE包中选取100个基因的EntrezID，然后使用clusterProfiler包的enrichKEGG函数进行KEGG富集分析，输出为txt文件。其中的GeneID被转换为Symbol以便后续绘图。2. enrichplot绘图enrichplot包的barplot和dotplot功能分别生成KEGG富集的柱状图和点状图。3. ggplot2增强利用ggplot2，通过Enric...
使用enrichKEGG函数，我们可以进行深度的统计分析，将这些EntrezID转化为更易解读的Symbol。分析结果以文本文件的形式输出，其geneID即为EntrezID，通过setReadable函数轻松转换。接下来，enrichplot包就像一位精细的艺术家，能绘制出吸引眼球的barplot和dotplot，而ggplot2则负责将这些图形提升到艺术的高度，赋予...
本节概览: 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 2. bitr()函数转化基因名为entrez ID 3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 4. 用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot ema…
Plot KEGG graph with RgraphvizJitao David Zhang
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QQ-plot (panel A) and GSEA plots (panel B) of the KEGG ABC transporter pathway.Paola, NicolettiMukesh, BansalCeline, LefebvrePaolo, GuarnieriYufeng, ShenItsik, Pe’erAndrea, CalifanoAris, Floratos
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参数kegg.native = T,所得如下: 参数kegg.native = F,所得如下: 4.2 goplot—— GO富集结果的有向无环图 directed acyclic graph 注意当enrichGO()的ont为'ALL'时不能运行该图,会报错。以下 goplot展示的是enrichGO()的ont='BP'时的go_enrich_results ...