(size = 1), plot.margin = unit(c(1,1,1,1), "cm"),#画布边缘距离上(top)、右(right)、下(bottom)、左(left) plot.title = element_text(hjust = 0.5,size = 22), legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size = 22), legend.position = c(0.6,0.2), legend.back...
g1 <- multi_pathway_native(pathways, row_num=1) g2 <- g1 |> mutate(new_name= ifelse(name=="undefined", paste0(name,"_",pathway_id,"_",orig.id), name)) |> convert(to_contracted, new_name, simplify=FALSE) |> activate(nodes) |> mutate(purrr::map_vec(.orig_data,function (...
这些语义主要分为三种:细胞组份(Cellular Component,简称 GO-CC),用于描述基因产物在细胞中的位置,如内质网,核或蛋白酶体等;分子功能(Molecular Function,简称 GO-MF),大部分指的是单个基因产物的功能,如结合活性或催化活性等。生物学途径/过程(biological process,简称 GO-BP),多是指具有多个步骤的有序的生物过程...
图1:GO barplot(GO条形图) 图2:GO dotplot(GO点图) 图3:GO circ(GO环形图) 图4:KEGG barplot(KEGG条形图) 图5:KEGG dotplot(KEGG点图) 图6:KEGG circ(KEGG环形图) 代码分享💻 这里附上部分代码,供大家参考和学习: DEG result fig1.GO barplot fig2.GO dotplot fig3.GO circ fig4.KEGG barplot...
dotplot(kegg,showCategory=10) 1. 由于KEGG 的描述字体重合,故我们利用scale_y_discrete设置,避免字体彼此重合,如下: dotplot(kegg,showCategory=10)+ scale_y_discrete(labels=function(x) stringr::str_wrap(x, width=60)) 1. 2. 绘制柱状图,如下: ...
data.frame(xx)) #查看完整结果 #dotplot(xx) #气泡图 df_go_diff <- as.data.frame(xx) 接下来选择可视化的通路。 为了配合像文中的堆叠感,这里选择有细胞群交集的通路。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## 选择富集到两组样本以上的通路可视化 df <- as.data.frame(table(d...
plot.margin = margin(t = 10, r = 20, b = 10, l = 20) ) + scale_y_discrete(labels = function(x) strtrim(x, 40)) 调试策略与验证 增量调试:每次仅修改一个参数并观察图形变化,确认其对间距的影响效果。例如先调整margin值,再改变panel.spacing,避免多参数同时变化导致效果混淆。 动态预览:在R...
(alpha=0.4,size=1.75)+theme_set(theme_set(theme_bw(base_size=20)))+xlab("log2 fold change")+ylab("-log10 p-value")+ggtitle(this_tile)+theme(plot.title=element_text(size=15,hjust=0.5))+scale_colour_manual(values=c('blue','black','red'))## corresponding to thelevels(res$change...
scale_y_discrete(labels=function(kegg_enrich_results) str_wrap(kegg_enrich_results,width = 25));kegg_barplot ggsave(kegg_barplot,filename = past2e0("kegg_barplot",'.pdf'),width =10,height =10) ### dotplot kegg_dotplot <- dotplot(kegg_enrich_results,showCategory = 25, title="The K...
plot.title = element_text(size = 14, hjust= 0.5, face="bold"), legend.title = element_text(size = 13), legend.text = element_text(size = 11)) #Top20富集数目条形图: p<- ggplot(data = top20, aes(x = Count, y = pathway, fill = -log10(pvalue)))+ ...