看到最下面的 Mapping to 了吗,选择 pathway(默认的也是 pathway),GO 一下,就 OK 了。然后它就会把这个芯片数据涉及到的基因所在的通路图列出来,并在通路中用不 同的 颜色标明基因表达差异。如下图(选取的是嘌呤代谢通路的一部分) 绿色表示基因下调,黄色表示没明显变化,灰色是什么,这个可能 species-specif...
在KEGG中有两种代谢图,一种是参考代谢通路图reference pathway,是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图,这种图上就不会有绿色的小框,而都是无色的,所有的框都可以点击查看更详细的信息;另一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway,会用绿色来标出这个物种特有的基...
现在有26个基因,那么批量转换比较便捷的方法是用Uniprot的在线工具。 在http://www.uniprot.org/ 点Retrieve/ID mapping进入如下页面,贴上自己的基因名,下方选择输入和需要输出的识别码类型,填好物种信息,就可点“Go”转换。 在弹出的页面中选择Reviewed的结果,再选择下载格式(Excel、非压缩);也可以点旁边的Columns...
KEGG整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据,包括代谢通路(PATHWAY)、药物(DRUG)、疾病(DISEASE)、基因序列(GENES)及基因组(GENOME)等。 1. 所有鉴定蛋白KEGG Mapping结果统计 2. 所有鉴定蛋白KEGG结果注释统计 3. KEGG通路注释统计 在生物体内,不同的基因产物相互协调来行使生物学功能,对差异表达基因的通路(...
在KEGG首页上选择KEGG PATHWAY子数据库。 在点开后的页面往下拉到信号转导通路,相当多了。 找到mTOR信号通路,点进去。圆角矩形文本框中的就是其相关联的信号通路。 我们可以看到,mTOR上游有AMPK、MAPK、Insulin、PI3K-AKT等信号通路,各通路之间又有交互影响。
KEGG Mapper,一个用于KEGG pathway、Brite和module绘图的工具。可用于集合和解释大量的数据。 一个完整的KEGG mapping过程类似于一个基因组包含的基因参与了organism-specific versions的pathway,想看在转录组水平这些上调或下调表达的基因参与哪些pathways。Mapping的过程可以看做是将待分析数据和KEGG数据库中的已知的数据进...
官方说明http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html 先看一张通过kegg mapper分析出的通路图: 对上图熟悉吗?但是怎么读懂它呢?请看下图 绿色的方框表示mapping上的基因(单个物种的情况,多个物种则有多种颜色) 方框表示基因产物,小圆圈表示分子化合物(非蛋白),箭头表示化学反应,虚线箭头表示间接反应,+...
看到最下面的 Mapping to 了吗,选择pathway(默认的也是pathway),GO一下,就OK了。然后它就会把这个芯片数据涉及到的基因所在的通路图列出来,并在通路中用不同的颜色标明基因表达差异。如下图(选取的是嘌呤代谢通路的一部分)绿色表示基因下调,黄色表示没明显变化,灰色是什么,这个可能species-specific 基因,与芯片无关...
首先, 点击下图方框中的User data mapping，在出现的新窗口中，按照指示输入蛋白编号加上添加的颜色，例如，输入BID blue指令，可以把信号通路中所有的BID标记成蓝色（在这里蓝色代表蛋白水平下降）。当然，也可以使用红色代表蛋白水平上调，或者其他颜色来代表不同种类的蛋白翻译后修饰等。信号通路中所有的BID蛋白都被...
KEGG该数据库有助于把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究。KEGG整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据,包括代谢通路(PATHWAY)、药物(DRUG)、疾病(DISEASE)、基因序列(GENES)及基因组(GENOME)等。 1 . 所有鉴定蛋白KEGG Mapping结果统计 蛋白质 mapping 结果统计表...