使用clusterprofiler R包做完富集分析后,可以使用cnetplot绘制一个cnet图,默认是top5的条目作图。本文展示了如何使用微生信平台绘制自定义条目的cnet网络图。 clusterProfiler 是一个在生物信息学领域广泛使用的R包,它提供了多种功能来分析和可视化基因集的功能特性。其中,cnetplot 是 enrichplot 包中的一个函数,用于可视...
5 cnetplot函数绘制KEGG通路网络图 enrichplot包中的cnetplot函数可以绘制网络图。 5.1 默认值绘图 library("enrichplot") cnetplot(ek2) #直接使用enrichKEGG函数分析出的结果,ek2中ID已转换为symbol 图7 5.2 用foldchange标注gene颜色 读取一个包含基因及对应logFC值的数据: gene_rt=read.table("id.txt",sep...
1, 打开绘图页面 https://www.bioinformatics.com.cn/plot_clusterprofiler_go_kegg_enrichment_analysis_cnetplot_232 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,解压。 示例数据包括很多文件,以pathway为例,绘图会用到两个文件: 1)存储富集结果的excel文件pathway.sig.xlsx; 用到的是B列的Description,即通路的term...
1, 打开绘图页面 https://www.bioinformatics.com.cn/plot_clusterprofiler_go_kegg_enrichment_analysis_cnetplot_232 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,解压。 示例数据包括很多文件,以pathway为例,绘图会用到两个文件: 1)存储富集结果的excel文件pathway.sig.xlsx; 用到的是B列的Description,即通路的term...
4. 富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 在富集到通路后就要进行可视化展示了,参见clusterprofiler说明书📖 Introduction | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top),其中enrichplot包可以对富集结果进行超级丰富的可视...
enrichplot包的cnetplot和heatplot功能犹如通路的网络工笔，可以展示KEGG通路的互动关系。例如，通过设置特定的pathway（如"Cell cycle"和"Cellular senescence"），调整颜色映射和高亮显示，你可以获得极具洞察力的网络图。热图（heatplot）则以foldChange的值为线索，揭示通路的动态变化。最后，pathview的魔法...
library(enrichplot) library(ggnewscale) 1. 2. 3. 4. 5. 对于富集到的pathways之间的基因重叠关系进行展示,如果两个pathway的差异基因存在重叠,说明这两个节点存在overlap关系,在图中用线条连接起来,每个节点是一个富集到的pathway, 默认画top30个富集到的pathways, 节点大小对应该pathway下富集到的差异基因个数...
pdf(file="./enrich.go.bp.tree.pdf",width=10,height=15)plotGOgraph(erich.go.BP) dev.off() 至此,GO分析就做完了 ---> over 4.2、KEGG pathway 介绍 KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一,可以利用KEGG 的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释,human对应的API 链接如下 http...
2. dotplot 用散点图展示富集到的pathways,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 dotplot(kk,showCategory=10) 生成的图片如下 横轴为GeneRatio, 代表该pathway下的差异基因个数占差异基因总数的比例,纵轴为富集到的pathway的描述信息,showCategory指定展示的pathway的个数,默认展示显著富集的...
emapplot(kk, showCategory = 30) 1. 生成的图片如下 每个节点是一个富集到的pathway, 默认画top30个富集到的pathways, 节点大小对应该pathway下富集到的差异基因个数,节点的颜色对应p.adjust的值,从小到大,对应蓝色到红色。 4. cnetplot 对于基因和富集的pathways之间的对应关系进行展示,如果一个基因位于一个pa...