p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的gene的数目 这张表里面没有提到富集倍数(fold enrichment) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 fold enrichment=GeneRatio/BgRatio ...
kegg计算p值的方法KEGG计算p值的方法是利用卡方检验。 卡方检验是一种用途很广的计数资料的假设检验方法。它属于皮尔逊提出的χ2检验法。又记作χ2检验(χ是希腊字母cheramas的简写,读作[keì],数学上读作[chi],由于χ2有较好的对称性,所以现在不读作[keì],而读作[chi])。卡方检验(Chi-Square test)是...
可通过超几何分布计算P值辅助判断。 超几何分布公式为P(X=k)=C(M,k)C(N - M,n - k)/C(N,n) 。其中N为背景基因总数,n为待分析基因数等。利用专业软件能更高效准确进行富集倍数计算。DAVID等软件提供了KEGG富集分析功能。在线工具也为计算提供了便捷途径。但要注意工具的参数设置对结果有影响。如基因ID...
富集分析里的P值计算过程如下: N:为所有基因中具有pathway/GO; M:为所有基因中注释为某特定pathway/GO term的基因数目; term:为注释的基因数目; n:为N中差异表达基因的数目; m:为注释为某特定pathway/GO term的差异表达基因数目。 通过计算得到的P value会进一步经过多重检验校正,通常应用的是BH方法,得到FDR...
注：图中每个柱子代表一个KEGG通路；纵坐标文字表示通路的名称；横坐标表示通路富集的显著性；柱子越高，表明该生物学通路在所测样本中富集越显著，活性改变越明显。辅助线是p value=0.05 6. KEGG通路富集圈图 图8 差异基因与代谢物 KEGG 富集圈图 注：最外圈的是前20联合p值最显著的KEGG富集通路，不同的颜色...
注:与fisher 精确检验定义一致,可以计算基因集n是否在M类中富集的概率,这样的概率不能直接用于富集分析中,需要进行统计学检验,如p_value(当原假设为真时所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如果P值很小,说明这种情况的发生的概率很小,p值越小说明越不可能随机出现,也就是说我们得到的结果越具有显著性...
通过富集分析，我们可以更准确地理解基因表达差异背后的生物学意义，为疾病的研究和治疗提供有力的支持。2.1 △ 统计方法 超几何检验是一种常用的统计方法，用于比较差异基因在特定GO/KEGG条目中的比例与背景基因（即所有检测基因）的比例，从而计算出一个显著性指标，即P值。这个P值反映了差异基因在特定功能或通路...
KEGG富集分析,会使用超几何分布检验计算显著性p-value,评估每个通路中观察到的目标代谢物数量与随机期望值之间的显著性差异,即找出与测到的所有代谢物相比,在差异代谢物中显著富集的Pathway。但随着检验次数的增加,假阳性数量也会增加,p值也不是特别可靠。为了结果更严谨,会再用FDR(False Discovery Rate,假阳性发现率...
进行分析时，计算前景基因集中特定代谢通路的基因数目与背景基因集中同一通路基因数目的比例，并通过超几何检验计算P值。通常，当P值小于0.05时，认为该通路在前景基因集中显著富集。为了进行Pathway富集分析，需要准备两份数据文件：前景基因文件和背景基因表。前景基因文件包含要进行富集分析的基因ID列表，以及...