P值:小于0.05表示该通路富集显著,具有统计学意义。 Q值:用于校正P值,进一步评估富集的可靠性。 富集程度 Enrichment Score:计算富集程度,公式为(E列F列的比值/G列H列的比值),反映基因在通路中的富集情况。 基因注释 Poptotal:检测出的基因中有pathway注释的基因数量,例如7820个。 Pophits:其中有68个基因注释到该...
通过气泡图、通路图等可视化工具,可以直观地了解代谢通路的富集情况和基因表达差异。以下是详细解读方法: 1. 富集通路的显著性 富集通路的显著性通常通过p值或q值表示,数值越小,表明该通路在分析中越显著。气泡图是展示显著性的一种常用方式,横轴通常表示富集因子,纵轴表示通路名称,气泡...
pvalue:超几何分布检验统计的p值。 p.adjust:通过p值校正方法得到的校正后的p值。 qvalue:通过p值校正方法得到的校正后的q值,也称为FDR,代表错误率。 geneID:输入的分子(经过ID转换后)与对应ID条目内分子的交集的具体的分子 ID。 Count:输入的分子(经过 ID 转换后)与...
gene中注释到这个GO条目上面的gene的数目 pvalue:富集的p值 p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的gene的数目 这张表里面没有提到富集倍数(fold enrichment) 代码语言:javascript 代码运...
(9)P_Value :显著性检验P值; (10)Q_Value :显著性检验Q值; (11)Rich_Ratio :富集因子; About 科易云 科易云是唯誉智合旗下的专业科研生信云平台,主要包括了个性化分析云工具,生信课堂、软件技能学习等内容,为科研人提供更为便捷的技能服务,立即注册,去体验轻松愉快的绘图之旅吧~ ...
横轴和纵轴分别表示两个生物状态的基因集富集得分,每个点表示一个基因集,颜色表示该基因集的p值或q值,大小表示该基因集的基因数目,可以发现不同生物状态之间的共同或特异的功能或通路。 结果图上方的trend是指两个生物状态的基因集富集得分(Enrichment Score)之间的线性相关性。trend的值越接近1或-1,表示两个生物...
使用KEGG工具可获得包含pathway的名称、差异基因中注释到该pathway的基因数量及其在总差异基因中所占的比例、所有背景基因中注释到该pathway的基因数量及其在总背景基因中所占的比例、P值、Q值，以及pathway的唯一标识符（ko号）。此外，通过点击pathway的名称，用户可以进一步查看该pathway所包含的基因ID，并能够通过连续...
KEGG，作为一个综合性的数据库，不仅是一个基因和基因组的百科全书，更是一个连接基因组、化学分子和生化系统的桥梁。它详细描绘了生物体内各种代谢通路，如同一张错综复杂的地图，指引着我们去探索生命的奥秘。以人类为例，KEGG PATHWAY数据库中收录了人类体内数千条代谢通路，涵盖了从基础的碳水化合物代谢到复杂的...
这是分析的起点,确保数据的准确性和完整性。 功能注释:将基因映射到KEGG数据库的通路注释条目,为后续分析提供功能背景。 显著性检验:使用统计模型(如超几何分布或Fisher精确检验)计算富集p值,并通过多重检验校正(如Benjamini-Hochberg方法)降低假阳性。 结果筛选:根据p值或校正后的q值筛选显著...
在这个过程中,pAdjustMethod参数用于指定p值校正方法,常用的是Benjamini-Hochberg方法(BH),pvalueCutoff和qvalueCutoff分别是p值和q值的阈值。 四、进行KEGG富集分析 clusterProfiler包中有enrichKEGG函数用于KEGG通路富集分析。需要指定基因列表、基因ID类型和物种。