其实这样的KEGG数据库的12大代谢通路数据挖掘文章很多,其中一个佼佼者是复旦大学邵志敏团队三阴性乳腺癌的代谢组学文章,文献标题是:《Metabolic-Pathway-Based Subtyping of Triple- Negative Breast Cancer Reveals Potential Therapeutic Targets》,其数据挖掘仅仅是一个引子,后续仍然是有大量真实病人自己的代谢组数据做支撑。
最重要的是不要忘记填写物种信息。然后使用 KEGG Mapper 进行通路富集搜索,不同的搜索模式有不同的输入类型的要求,务必注意 KEGG identifier 中的对应的类型和所研究的物种信息来确定选择哪种搜索模式。最终获得通路富集数据,通过数据处理,进行可视化展示。本文仅代表作者观点,不代表百度立场。未经许可,不得转载。 2 大...
KEGGSum receives a KEGG identifier (Kid) as an input, connects to the KEGG database, downloads a specialized form of the pathway, and determines the most important nodes in the graph. To identify the most important nodes in the KEGG graphs, we explore multiple centrality measures that have ...
2.点击“Upload”,将待分析的基因粘贴进去或者选择直接以文件的形式上传; 3.在“Select Identifier”中选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”(需注意按照你所提交的基因格式进行选择);在“Select Species”选择待分析的物种(需注意此处物种名应为拉丁名),如:小鼠(Mus musculus);在“List Type”中勾选“Gene List”;点击“...
(2) 在“Select Identifier”中选择上传的基因类型,因为我们上传的是基因名(Gene Symbol),所以在下拉菜单中选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”(下拉菜单比较长,可能不太好找,keep patient ~) (3) 在“List Type”中有两个单选框,我们统一选择“Gene List”这一项。
四、KEGG的Object Identifier 本部份内容设定了隐藏,需要答复后才能看到 五、例子 KEGG中每一个Object(除基因外)都含有一个唯一的KEGG标识符,它包括一个5位数的号码并有一个大写字母作为前缀,如K05032和D00336 ,或由一个有2-4的字母代码开头的标识符,如map00010和br08301 。 每一个KEGG的数据库资料都配有一...
我有一个数据集,里面有LOC、RGD、MGC编号的基因,进行DAVID富集时,选择Official Gene Symbol,物种是大鼠,不能成功,但是我删除LOC或RGD其中一个就可以富集成功,现在我把RGD编号的基因通过数据库转换为LOC编号的基因,又不能成功,是原因啊?给的提示是You are either not sure which identifier type your list contains...
The KO identifier (called K number) is defined based on the experimental characterization of genes and proteins within specific organisms. These K numbers are subsequently used to assign orthologous genes in other organisms. KO data refers to the protein sequences cataloged within the KO database,...
四、KEGG 的Object Identifier 本部分内容设定了隐藏,需要回复后才能看到 五、例子 KEGG 中每一个Object(除基因外)都含有一个唯一的KEGG 标识符,它包括一个5位数 的号码并有一个大写字母作为前缀,如K05032和D00336 ,或由一个有2-4的字母代码开头 的标识符,如map00010和br08301 。 每个KEGG 的数据库...
收录于文集 【网络药理学】作图全攻略(完) · 7篇 五、GO和KEGG分析 1.DAVID(https://david.ncifcrf.gov/) (2)将药物-疾病靶点交集复制进“A:Paste a list”,“Step 2:Select Identifier”项下选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”,“Step 2a:Select species”项下选择“Homo sapiens”,“Step 3:List Type”项...