Kegg enrichment score计算是一种常用的富集分析方法,通过比较基因集中的基因与某一已知生物功能、代谢途径或信号通路中的基因的表达差异,来评估这一基因集在特定功能或通路中的富集性。 Kegg enrichment score计算的步骤通常包括以下几个关键步骤: 1.数据预处理:首先,需要将原始基因表达数据标准化或正态化,以确保数据...
对GSEA的结果进行比较,如图所示,是一系列的基因集富集分析(GSEA)的比较图,可以显示不同的生物状态之间的基因集富集得分(Enrichment Score)的相关性。横轴和纵轴分别表示两个生物状态的基因集富集得分,每个点表示一个基因集,颜色表示该基因集的p值或q值,大小表示该基因集的基因数目,可以发现不同生物状态之间的共同或特...
接下来的图片需要引入差异倍数log2FoldChange,所以我们先处理数据: go <- data.frame(Category = ego$ONTOLOGY,ID = ego$ID,Term = ego$Description,Genes = gsub("/", ", ", ego$geneID),adj_pval = ego$p.adjust)genelist <- data.fr...
LogP:P值的负对数 Enrichment:富集 Z-score: GeneInHitList:基因在自己列表中的数量 GeneInGOAndHitList:基因在自己列表中且在GO中的数量 Z-score的意思没有查到,如果有读者知道,可以告知一下,谢谢! 三、气泡图绘制 因为它的数据只需要简单的处理就可以使用了,所以话不多说直接上代码: library(openxlsx) library...
工具链接：http://139.186.136.72:3838/Enrichtool2.3/06、KOBASKOBAS-i的Enrichment版块支持基于基因...
计算富集得分 (ES, enrichment score). ES反应基因集成员s在排序列表L的两端富集的程度。计算方式是,从基因集L的第一个基因开始,计算一个累计统计值。当遇到一个落在s里面的基因,则增加统计值。遇到一个不在s里面的基因,则降低统计值。每一步统计值增加或减少的幅度与基因的表达变化程度(更严格的是与基因和表...
12. 基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 05:56 13. ssGSEA和GSVA 03:12 14. 样本配对的差异表达分析 03:02 15. 蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks) 09:46 16. LASSO回归分析 04:26 17. 多因素Cox回归分析,构建预后模型 04:10 18. 一致性聚类,无监督...
GSEA中判断基因集是否富集一般取决于如下参数:(1)NES(normalized enrichment score): 绝对值>1为富集,严苛可>1.5。(2)p值:<0.05,严苛可<0.01。(3)q值:<0.25,严苛可<0.1/0.05/0.01。 找出有兴趣进行可视化的显著基因集,并使用gseaplot和gseaplot2分别可视化。(我这里用ggplot2稍微加了个字幕~) #further filter...
http://www.omicshare.com/forum/thread-832-1-12.html(GO、PATHWAY富集分析中是否一定需要选择显著富集的通路) https://github.com/dgrapov/TeachingDemos/blob/master/Demos/Pathway%20Analysis/KEGG%20Pathway%20Enrichment.md 转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ...
chr "mitotic sister chromatid segregation" "sister chromatid segregation" "regulation of mitotic sister chromatid separation" "regulation of chromosome segregation" ... $ setSize : int 135 156 52 67 53 57 200 57 51 49 ... $ enrichmentScore: num 0.69 0.672 0.783 0.735 0.778 ... $ NES : ...