# 获取代谢物名称和CPD IDcpd.name <- as.character(compound) cpd.id <- names(compound) # 生成代谢物名称和CPD ID匹配的数据框 metabolism.df <- data.frame(cpd.name = cpd.name,cpd.id = cpd.id) head(metabolism.df) cpd.name cpd.id 1 Pyruvate C00022 2 Acetyl-CoA C00024 3 D-Glucose C...
p <- pathview(gene.data = gse16873.d[, 1], cpd.data = sim.cpd.data, pathway.id ="00640", species = "hsa", out.suffix = "gse16873.cpd", keys.align = "y", kegg.native = T, key.pos = "topright") 我们还生成了相同pathway和数据的Graphviz视图。Graphviz视图更好地显示了层次结构。
原始的kegg.native=TRUE时的图像绘制: pv.out <- pathview(gene.data = gse16873.d[, 1], pathway.id = demo.paths$sel.paths[1], species ="hsa", out.suffix = "gse168731",cpd.idtype ="kegg", gene.idtype = "entrez", gene.annotpkg = NULL,min.nnodes = 3, kegg.native =TRUE, map....
p<-pathview(gene.data=gse16873.d[,1],cpd.data=sim.cpd.data,pathway.id="00640",species="hsa",out.suffix="gse16873.cpd",keys.align="y",kegg.native=F,key.pos="bottomright",sign.pos="topright",cpd.lab.offset=-0.8)
2 2. ID转换由于KEGG数据库使用的是自己的ID，通路中包括多种元素，如‘hsa’开头的代表蛋白质，‘cpd’开头的代表化合物等等。在通路XML格式文件中，所有的通路元素都被标记为KEGG的ID，如下所示第一列数字代表元素ID，第二列为对应的基因或化合物信息，有些ID可能对应多个基因。在富集过程中我们主要关注的是...
http://rest.kegg.jp/conv/ncbi-proteinid/hsa:10458+ece:Z5100 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 hsa:10458ncbi-proteinid:NP_059345ece:Z5100ncbi-proteinid:AAG58814 link 检索两个数据库之间的关联,共有两种用法 第一种,两个数据库之间的关联 ...
通过化合物ID查询化合物信息,URL格式为http://rest.kegg.jp/get/{compound_id}。例如,查询化合物ATP的信息,URL为http://rest.kegg.jp/get/cpd:C00002。 3、通路信息查询: 通过通路ID查询通路信息,URL格式为http://rest.kegg.jp/get/{pathway_id}。例如,查询糖酵解途径的信息,URL为http://rest.kegg.jp...
keggGet(c("cpd:C01290","gl:G00092"))## retrieves a compound entry and a glycan entry keggGet(c("C01290","G00092"))## same as above, without prefixes keggGet(c("hsa:10458","ece:Z5100"))## 检索 a human gene entry and an E.coli O157 gene entry ...
如下例子所示,我们通过指定gene.data和pathway.id来观察单个样本在典型信号通路细胞周期上的表达变化。该基因芯片是在人体组织上进行的,因此species=“hsa”。 p <- pathview(gene.data = gse16873.d[, 1], pathway.id = "04110", species = "hsa", ...
可以提供1个药物的ID, 也可以一次提供多个,多个ID 用 + 连接 示例: 查询和D005664 这种药物存在相互作用的记录 http://rest.kegg.jp/ddi/D00564 AI检测代码解析 dr:D00564 cpd:C00304 P unclassified ...