ReactomePA:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ReactomePA/inst/doc/ReactomePA.html 5、KEGG API https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 命名规范: 1)kegg genes KEGG基因是所有完整基因组(见发布历史)的基因目录的集合,由公共资源生成,主要是NCBI RefSeq和GenBank。通过KOALA keg...
挖掘KEGG数据的方法有:使用KEGG API、利用KEGG Mapper工具、通过KEGG数据库浏览器、使用第三方工具和编程语言进行分析。最推荐的方法是使用KEGG API,因为它提供了丰富的功能和灵活的查询选项。 KEGG API提供了一组标准化的接口,能够快速、准确地从KEGG数据库中获取各种类型的数据。通过KEGG API,用户可以进行自动化数据...
KEGG数据库称之为基因组百科全书,是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据,官方提供了对应的API。 在biopython中,通过Bio.KEGG模块,对kegg官方的API进行了封装,允许在python环境中使用kegg API。KEGG API与python代码的对应关系如下 利用REST模块,可以下载API支持的任何类型的数据...
通过biopython,我们不仅可以在python环境中使用kegg api, 更重要的是,可以借助python的逻辑处理,来实现复杂的筛选逻辑,比如查找human中DNA修复相关的基因,基本思路如下 1. 通过list API获取human所有的pathway编号; 2. 通过get API获取每条pathway, 解析其description信息,筛选出现了repair关键词的通路; ...
KEGG数据库称之为基因组百科全书,是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据,官方提供了对应的API。 在biopython中,通过Bio.KEGG模块,对kegg官方的API进行了封装,允许在python环境中使用kegg API。KEGG API与python代码的对应关系如下 ...
了解下API! KEGG数据库(http://www.kegg.jp/)也即京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes),是系统分析基因功能、基因组信息的数据库,它整合了基因组学、生物化学以及系统功能组学的信息,有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。KEGG提供的整合代谢途径查询十分出色,包括...
KEGG提供了一组API,可以通过编程方式获取和处理KEGG数据。使用KEGG API,可以将KEGG注释结果下载到本地,并使用专业的数据可视化工具进行进一步分析和可视化。例如,可以使用Python的matplotlib库或R语言的ggplot2包来绘制KEGG注释结果的图表。 3.Cytoscape: Cytoscape是一个功能强大的网络分析和可视化工具,可以用于可视化KEGG通...
2.excel的有道翻译 由于需要翻译各个通道名,本来想用R调用谷歌翻译API,但是突然发现excel可以自己翻译了!!! 但是翻译水平还有待提高... 虽然还是要人工修改,但是已经省去不少滴工作~ 3.excel窗口置顶,将剩余的5%信息复制到excel中 当然也是先爬取网页信息,再粘贴啦,不然一个个复制会死的... ...
可以用python里的json包提取对应的brite层次结构,gene(包括gene id,kegg gene id,symbol)和pathway(只包含对应物种通路)信息,然后利用这个信息可以做kegg富集。当然,kegg api也可以实现这个功能,正在写😂 2019-12-25 回复2 秦露露露露露露 我直接找了一个在线网址转化成EXCEL 2022-09-07 回复喜欢...
ggkegg从 KEGG 获取信息并进行解析,使用ggplot2和ggraph对其进行分析和可视化,结合使用 KEGG 调查生物功能的其他软件包。该软件包旨在使用图形文法可视化 KEGG 的复杂组件。对于 Python,请使用 plotine 的pykegg,它提供了与 ggkegg 几乎相同的功能,与gseapy和PyDESeq2以及单细胞转录组学分析库扫描软件包一起使用。