KEGG Automatic Annotation Server,KEGG数据库的自动注释服务简称KAAS。在线网址为:http://www.genome.jp/tools/kaas/,其首页页面见图1。 那当我们拿到目标蛋白时如何进行KEGG的自动注释呢? ▼▼▼ 1. 进入KEGG中自动注释工具界面,KAAS(http://www.genome.jp/tools/kaas
另外,可以使用David网站(https://davidbioinformatics.nih.gov/home.jsp)进行KEGG富集分析。 根据网站提示输入基因名称,选择基因名称类型,并选择输入基因作为gene list,点击Functional Annotation Tool工具,查看具体的基因功能注释信息。 在此网站最后得到的是表格数据: 我们可以在R中利用ggplot2包将表格数据可视化为柱状图和...
KEGG(https://www.kegg.jp/)是一个数据库资源,用于表示和分析生物系统。 通路图是KEGG中的主要数据集,代表细胞和有机体在分子相互作用和反应网络方面的系统功能。 KEGG同源性(KO)系统是一种机制,用于将基因和蛋白质与通路图及其他分子网络联系起来。 每个KO都是一个通用的基因标识符,每个通路图都是由KO节点组成...
Pathview是一个用于整合表达谱数据并用于可视化KEGG通路的一个R包,其会先下载KEGG官网上的通路图,然后整合输入数据对通路图进行再次渲染,从而对KEGG通路图进行一定程度上的个性化处理,并且丰富其信息展示。(KEGG在线数据库使用攻略) Pathview的安装 一种方法是通过Bioconductor安装,需要Bioconductor版本3.9,R的版本3.6 (推荐...
是一个用于整合表达谱数据并用于可视化KEGG通路的一个R包,其会先下载KEGG官网上的通路图,然后整合输入数据对通路图进行再次渲染,从而对KEGG通路图进行一定程度上的个性化处理,并且丰富其信息展示。(KEGG在线数据库使用攻略) Pathview的安装 一种方法是通过Bioconductor安装,需要Bioconductor版本3.9,R的版本3.6 (推荐)。
模块注释(Module Annotation):提供模块的详细注释信息,包括功能描述、参考文献等。 2. 模块的层次结构 KEGG Module 数据库采用层次结构来组织模块。模块可以分为以下几层: 顶层模块(Top-level Modules):描述最广泛的代谢功能,如能量代谢、氨基酸代谢等。