CC:细胞组分(Cellular Component) 基因产物活动的细胞位置 BP:生物过程(Biological Process) 由多个基因产物活动组成的通路和更大的过程 京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,简称KEGG)KEGG是手工绘制的代表分子相互作用和反应网络的通路图的集合。这些通路涵盖了可以分为七个广泛类别的广泛...
常见的富集分析有KEGG富集分析和GO富集分析。在我们的基因云平台上,我们提供了3种不同的图表来进行富集分析,让您更加方便快捷地进行数据分析。 一、KEGG富集分析 KEGG富集分析是一种基于KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的富集分析方法,用于分析基因或蛋白质组数据在KEGG通路中的富集情况。KEGG数据...
GO数据库是分别从细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF）、生物过程（b...
在每一个一级pathway下又存在多种不同的二级pathway,例如Metabolism下有Global and overview maps、Energy metabolism等二级pathway,Environmental Information Processing下包含Membrane transport、Signal transduction等二级pathway。 同样,三级pathway分属于不同的二级pathway,并拥有自己的独立编号。 在这三级pathway之外,KEGG数据...
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GO分析是一种基于基因本体论(Gene Ontology,GO)的功能注释和富集分析方法,是一个用于描述基因和蛋白质功能的标准化语言,包括三个方面:分子功能(Molecular Function),生物过程(Biological Process)和细胞组件(Cellular Component)。分析的目的是找出一个基因集合中与某些功能或过程相关的基因,从而揭示基因集合的生物学意义...
在芯片的数据分析中,研究者可以找出哪些变化基因属于一个共同的GO功能分支,并用统计学方法检定结果是否 具有统计学意义,从而得出变化基因主要参与了哪些生物功能。EASE(Expressing Analysis Systematic Explorer)是比 4、较早的用于芯片功能分析的网络平台。由美国国立卫生研究院(NIH)的研究人员开发。研究者可以用多种不...
GO-Analysis是对基因进行显著性功能(GO)的分析。由于GO的条目中包含功能的层级关系,从而GO中包含基因的数目变化较大,通常在一到几百个基因之间。GCBI的功能分析主要用Fisher精确检验,即利用如下的四格表: 在这个假设下分别利用fisher精确检验和 检验,分别得到 值和 值,通过多重比较检验,确定GO的FDR。最后得出显著性...
在基因通路富集分析中，首先需要选择一个基因通路数据库，如KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and ...
结合文献来讲就是:GO Analysis将两组(也可能是多组)之间的差异基因基于GO数据库进行基因功能注释,得到了各差异基因在细胞内的xx位置,参与了xx生物学过程,具体执行xx功能。 而后利用Fisher精确检验和多重比较检验计算每个功能的显著性水平(P-value)和误判率(...