使用KAS-seq信号定义的四种基因转录状态与使用GRO-seq定义得到的结果相吻合(GRO-seq需使用百万细胞)。KAS-seq也同时检测Pol I 和Pol lIII介导的转录活性[1]。这些证据表明，KAS-seq可准确检测全基因组DNA转录活性。2.2 KAS-seq与转录活性的应用 2022年4月，Znhit1 controls meiotic initiation in male germ cell...
KAS-seq有助于以高通量方式同时快速、准确地分析转录动力学和增强子活性,未来或可广泛运用在转录变化的动态检测中。 低输入量细胞和小鼠肝脏的KAS-seq检测结果。来源: Nature Methods 此外,KAS-seq利用1000个细胞产生的数据与使用大量细胞产生的数据相似,可用于低起始量细胞或冷冻动物组织中的ssDNA检测,甚至有可能用于...
KAS-seq可以定义一组增强子，其为单链，并具有独特的序列基序。这些增强子与特定的转录因子结合相关，并且比典型的增强子表现出更多的增强子-启动子相互作用。在抑制蛋白质聚集的条件下，KAS-seq揭示了一组从启动子中RNA聚合酶II（Pol II）的快速释放。因此，KAS-seq有助于以低输入和高通量方式同时快速、准确地分析...
这些证据表明,KAS-seq可以检测到DNA转录时产生的单链DNA,从而检测全基因组转录状态。 借助于N3-kethoxal标记反应的高活性,KAS-seq还可以用于1000个细胞以及小鼠肝脏中单链DNA的检测。 使用1000个细胞与使用一百万个细胞产生的KAS-seq数据信号具有相同的分布规律和富集程度。 除此之外,KAS-seq还可以用于检测PolI, Pol...
KAS-seq也同时检测Pol I 和Pol lIII介导的转录活性。这些证据表明，KAS-seq可准确检测全基因组DNA转录活性。除此之外，KAS-seq信号也出现在一部分增强子(enhancer)上 。作者将这些增强子定义为single-stranded DNA-containing enhancer(SSE)。作者发现，SSE具有独特的序列特征(motif)。一些转录因子对结合SSE具有强偏好性...
此外,ATAC-seq 已被开发用于分析染色质可及性,而 KAS-seq 因其对转录活性 RNA 聚合酶原位产生的全基因组单链 DNA (ssDNA) 的快速、灵敏检测而受到认可 ,作为 CRE 活动的代理。 表观遗传调控包括通过核小体定位和染色质重塑来调节基因的转录可及性。转座酶可及染色质测序 (ATAC-Seq) 检测可识别开放染色质...
Transcription and its dynamics are crucial for gene expression regulation. However, very few methods can directly read out transcriptional activity with low-input material and high temporal resolution. This protocol describes KAS-seq, a robust and sensit
1、Nature Methods:何川团队开发出新型单链DNA测序方法KAS-seq 美国芝加哥大学何川课题组在《自然—方法学》杂志上发... 04月27日阅读 被查看2,622 次发表评论 阅读全文 热门文章 1基因/蛋白质的名称格式如何正确使用(大写与斜体的使用) 2干货分享-运用DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析 ...
KAS-Analyzer: a novel computational framework for exploring KAS-seq datadoi:10.1093/bioadv/vbad121Lyu, RuituWu, TongPark, GayoungHe, Yu-YingChen, MengjieHe, ChuanBioinformatics Advances
ATAC-seq and active histone marks are instrumental in defining enhancers, but they frequently can’t reflect the transcriptional activity, and a substantial number of distal CREs also function as poised enhancers and insulators. KAS-seq offers a promising alternative by efficiently detecting ssDNA on ...