1、在多基因同源簇计算时,直接使用ParaAT.pl -f axt -g -k参数调用kaks 计算会直接将全部基因序列链接,软件则会认为是双基因比对,直接按照总长度除以2来计算长度因此在总长度为奇数时报错:Error. The size of two sequences in 'gene1&gene2' is not equal,就算不报错也是计算错误,因此采用-format clustal...
第五步用KaKs_Calculator2.0软件运行出ka;ks等数值将axt文件导入,方法选择YN,选择11-Bacterial and Plant Plastid Code,点击“run”得到数值,可复制或下载。
KaKs的计算 想起这个KaKs值,我想起了福建农的生物软件大流Raindy(高老师)。约莫是三年前,在高老师的提一下,一起写了EasyCodeML,主要是用来做正选择位点分析的,具体可参考 https://user.qzone.qq.com/58001704 事实上,从某个角度来说,codeML里面似乎就可以直接出Kaks?只是我确实看不懂结果。于是就没有后来了。
首先,打开集思慧远的云平台(http://cloud.genepioneer.com:9929),登录后选择工具中心: 然后选择细胞器分析中的“细胞器基因组-kaks计算”: 接着选择一个作为参考序列的genbank文件,其他的序列将分别和参考相比,选择密码子表(叶绿体选择11,植物线粒体选择1,无脊椎动物线粒体选择5,脊椎动物线粒体选择2)、kaks计算...
如何理解通过计算 Ka/Ks 来估计基因的选择压力：将非同义替换的数量除以同义替换的数量。
计算kaks值(KaKs_Calculator实现) ParaAT安装 1. 下载ParaAT2.0 (https://bigd.big.ac.cn/tools/paraat) 解压后,“ParaAT.pl”是运行的脚本。可以把解压后的路径加入环境变量,或者用脚本所在的绝对路径来运行也可以。 2. 安装所需的依赖工具,依赖工具需要加入环境变量 ...
R语言利用cds序列计算kaks值 使用到的R包 doubletrouble,这个R包 对应的论文 Doubletrouble: Identification and Classification of Duplicated Genes https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.27.582236v1.abstract 可以用来鉴定基因组中的重复基因 这个论文里还提到一个R包syntenet...
ParaAT是中科院基因组所的张章教授课题组开发的工具,该工具可以批量并行的做基因对的比对,并把比对的结果转换成KaKs_Calculator需要的axt格式文件,对于大批量的基因对之间的kaks计算十分有用。 蛋白序列比对(可选比对软件 clustalw2 | t_coffee | mafft | muscle)。根据蛋白比对结果回译成codon对应的核酸比对结果(Ba...
如何理解通过计算kaks来估计基因的选择压力：将非同义替换的数量除以同义替换的数量。
光标置于空白处，按住shift键右击，选择“在此次打开powershell窗口”，输入命令执行，完成后在文件夹中出现axt文件。第五步：利用KaKs_Calculator2.0软件计算ka、ks等数值。将axt文件导入，选择方法为YN，11-Bacterial and Plant Plastid Code，点击“run”获取数值，可直接复制或下载。