juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化,并预测TAD拓扑关联结构域,采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比,juicer的功能更为齐全 juicer独创了一种名为hic的文件格式,用来存储Hi-C数据的相关信息,这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式,在以下链接可以查看这种格式的详细信息...
本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍,并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍 算法介绍 Juicer[1]是一款能够提供一键式分析Loop-Resolution的程序。 特点 只需一次单击,用户就能够处理terabase规模的Hi-C数据集 自动注释Loops和Domains Juicer是一款开源的程序 与多个集群操...
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fastq等文件输入 ---》bwa比对 ---》排序 ---》合并 ---》去PCR重复 ---》生成 hic文件 代码流程 #创建工作目录,其后所有操作都在此目录下进行 mkdir ./opt cd opt #克隆 juicer git clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git ln -s juicer/CPU scripts cd scripts/common wget http://hic...
从.hic 文件提取数据 此功能由Juicebox tools的dump命令完成。 https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Data-Extraction Arrowhead Arrowhead is an algorithm for finding contact domains. arrowhead<HiCfile> https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Arrowhead 生成一个12列的...
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工作目录下必需配置一个文件夹fastq,其中存放Hi-C的双端测序数据,命名格式参考juicer.sh文件中的正则表达式*_R*.fastq*。 1 2 3 4 # 工作目录下创建存放hic测序数据的文件夹,我这里为了方便查看,工作目录就是juicer主目录,测序数据可以用软链接的形式存放 ...
Juicebox:Hi-C数据可视化利器 欢迎关注”生信修炼手册”!Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件,该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具,可以方便的... 首先展示的是所有染色体的HI-C图谱,通过工具栏可以选择染色质,调整分辨率,对交互矩阵进行归一化,调整显示的染色质区域。以17...
juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化,并预测TAD拓扑关联结构域,采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比,juicer的功能更为齐全 juicer独创了一种名为hic的文件格式,用来存储Hi-C数据的相关信息,这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式,在以下链接可以查看这种格式的详细信息...
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