为了使用conda安装jcvi,你可以按照以下步骤进行操作: 打开命令行终端: 在Windows上,你可以使用CMD或PowerShell。 在Linux或macOS上,你可以使用Terminal。 输入conda install命令: 你需要在命令行中输入conda命令来启动安装过程。 在命令后添加jcvi作为要安装的软件包名: 确保在命令中包含jcvi,这是你想要安装的软件包...
1. 安装jcvi 可以直接conda安装,记得在python2的环境下哦,3会报错。 conda install -c bioconda -y jcvi 2. 准备文件(CDS,pep,gff3) 3. 我们分析只需要用到每个基因最长的转录本就行,用jcvi就可以可以做到这件事情,先将gff转成bed格式 python2 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=ID GCA_002...
一、安装 ###last依赖包必须先安装conda create -n jcvi -c bioconda last jcvi###测试安装是否成功conda activate jcvi python -m jcvi.formats.fasta extract###遇到module缺失使用pip安装pip install more_itertools cython deap ftpretty graphviz ortools pybedtools scikit-image webcolors###再次运行测试python...
conda install-c bioconda last sudo yum install-y texlive texlive-latex texlive-xetex texlive-collection-latexrecommended sudo yum install dvipng 这时再去运行,基本时没有报错的。同时我在运行的时候,没有加入 --cpu=1,报错的文件一直说是我的线程数不对,然后去了唐老师的github上写的是建议安装最新的la...
conda install -c bioconda jcvi 1. 这时,你已经能使用命令,表面上安装成功了,实际上可能还缺少很多依赖。比如last,latex,dvipng等。否则在后面运行过程,可能遇到如下错误: ##未安装last /bin/bash: lastdb: command not found ##未安装latex、dvipng
1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持; 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下; 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools, EMBOSS),我这里只作图,不需要重新检查之前的是否能用。
conda env create -f environment.yml conda activate jcvi Note: If you are using a Mac with an ARM64 (Apple Silicon) processor, some dependencies are not currently available from Bioconda for this architecture. You can instead create a virtual OSX64 (intel) env like this: ...
1.Conda一键安装 conda create -y -c bioconda -n jcvi jcvi 2.使用时需要启动环境 conda activate jcvi 3.在此基础上可以更新到最新版的JCVI (Github版本会不断的增加新功能并修订bug) pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git 安装额外的依赖环境 ...
conda create -n jcvi conda install jcvi 准备文件 分析需要用到最长的转录本,很多软件分析时其实已经内置了相应的程序,可以使用以下的方法来提取 less your_gff.gff|grep"mRNA"|cut-d";"-f1|cut-f1,4,5,7,9|awk-vOFS="\t"'{print$1,($2-1),$3,$5,"0",$4}'|sed's/ID=//g'>your.bed ...
condainstall-cbiocondajcvi 这时,你已经能使用命令,表面上安装成功了,实际上可能还缺少很多依赖。比如last,latex,dvipng等。否则在后面运行过程,可能遇到如下错误: ##未安装last/bin/bash: lastdb:commandnot found##未安装latex、dvipngRuntimeError: Failed to process string with tex because latex could not be...