http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/yeast 我是在我们论坛上面安装的,所以应该是: http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=sample_data/json/volvox http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=sample_data/json/yeast 只访问测试数据当然不...
cd JBrowse-1.16.9# run setup.sh,quick startwithexample data./setup.sh 这里需要注意的是sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse这行命令里 不是单引号,而是ESC键下面那个 ./setup.sh这一步会运行好长时间,因为需要安装好多依赖的perl模块,这里吐槽一下perl模块的安装好麻烦,或者是我自己没有掌握正确的安装...
第一步:下载JBrowse源码 到JBrowse的官网下载JBrowse的源码,例如我下载到的是:JBrowse-1.12.1.zip 第二步:解压 unzip JBrowse-1.12.1.zip 第三步:移动到nginx的目录(这里其实可以是任何目录,不过显而易见,应该把网站代码放到大家都知道的目录) sudo mv JBrowse-1.12.1 /var/www/jb 第四步:安装JBrowse依赖 cd...
所以首先安装JBrowse CLI npm install -g @jbrowse/cli 测试安装 jbrowse --version # 输出JBrowse CLI 的当前版本。 选择想下载jbrowse的路径,下载 jbrowse create jbrowse2 //下载jbrowse2 然后检查你的下载 cd jbrowse2/ ls # 出现下列 - asset-manifest.json - favicon.ico - index.html - manifest.json...
首先安装 JBrows CLI。进行安装测试。选择下载路径，下载 JBrowse2。下载完成后，检查文件以确认成功。启动 JBrowse2 项目有两方式。第一种方法是，直接将已编译的项目放置于 nginx 的静态资源目录下，通过 nginx 的配置访问即可。第二种方法是启动 JBrowse2 项目，执行后会得到两个可访问地址。完成项目...
如果你是用的黑窗口来访问虚拟机的。可以在虚拟机上安装一个tomact,把Jbrowse放到tomact的webapps来访问。 2.处理数据文件 jbrowse可以展示大多数基因文件,但是基因文件是经过处理后才能展示的。我只说下bam和vcf的处理方法 第一步:在你加压后的文件夹内建立一个文件夹file ...
Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置 最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西。废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器。没用过觉得挺高大上的,难度挺高。实际上用过之后觉得也...
#此处不要加 -g参数 , -g 是全局安装 npm install @jbrowse/cli #用npx 才能使用这个包,无法按照官方文档直接使用 npx jbrowse --version
要在Windows系统上安装JBrowse CLI,您可以按照以下步骤操作: 安装Node.js和npm: 首先,您需要确保您的Windows系统上已经安装了Node.js和npm(Node Package Manager)。您可以从Node.js官网下载并安装适用于Windows的安装程序。 打开命令行工具: 安装完Node.js后,您可以打开命令提示符(CMD)或PowerShell。 使用npm安装...
cd JBrowse-1.12.3#run setup.sh, quick start with example data./setup.sh 系统级别的JBrowse安装到/var/www,然后可以通过http://机器IP地址/jbrowse/JBrowse-1.12.3/docs/tutorial/index.html判断安装是否成功。 但是,如果你的服务器上没有安装"apache"或"nginx"等web服务器软件时,上述操作无法成功访问网页。