进击的基因组浏览器-JBrowse使用指南(上) 一、基本介绍 JBrowse (http://gmod.org/wiki/JBrowse)是和GBrowse具有同样功能的基因组浏览器,只是它是基于HTML5 JavaScript等前端技术通过AJAX界面来实现的,这样大部分的工作都能通过用户的浏览器来完成,就可以降低对服务器的性能要求,从而实现快速访问浏览基因组数据。具有...
在Jbrowse2的在线版本中，通过导航栏的“Genome”选项，用户可以找到并点击指定基因组的“Click Me”按钮，进入该基因组的浏览器查看界面。关闭IDM下载器：为了避免在使用Jbrowse2时出现错误，建议用户关闭IDM下载器。使用检索功能：在基因组浏览器的左侧，用户可以利用检索功能搜索基因名称，直接跳转至对应位置...
这个时候一般你打开浏览器输入http://localhost:3003就可以访问了,但是有一个隐患。JBrowse默认是支持多个基因组的,而且默认bin目录下的各种脚本的输出路径都是data目录,那如果我下次又想弄一个基因组,经过上面两步也放到了data目录,那岂不是很混乱?JBrowse已经为我们想好了解决方案,你只需要把现在的data目录改一下...
除了在JBrowse上通过具体位置定位外,我们还可以0JBrowse上通过基因名快速定位到目标区间,只需要在上两步的基础上运行下面程序即可。 bin/generate-names.pl
Jbrowse2是一个支持浏览器查看多组学数据(bam,vcf,hic...)等的工具(当然也可以本机安装一个IGV进行查看),为了省去安装软件的麻烦,这里我们基于react封装了一个在线版本的Jbrowse2,更流畅,更美观 目前公网释放的链接很多功能还未上线,我们正在逐步释放,有任何问题请联系作者邮箱 ...
JBrowse支持csv格式加载metadata。首先修改jbrowse下的"jbrowse.conf"如下项,这样jbrowse就会从data/trackMetadata.csv中加载信息。 image.png 随后,我们将原来的已有数据导出成csv格式便于修改 这里的jq需要去https://stedolan.github.io/jq下载安装。 cattrackList.json| jq -r'.tracks[] | [.label,.key] | @cs...
Jbrowse2是一个功能强大的浏览器工具，支持在云端直接浏览数据而无需本地安装。目前的在线版本虽然部分功能未上线，但已经提供了流畅且美观的界面。通过导航栏的Genome，用户可以点击指定基因组的"Click Me"，进入浏览器查看，建议关闭IDM下载器以避免使用时出现错误。在基因组浏览器中，左侧有检索功能，用户...
wgethttps://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.15.4-release/JBrowse-1.15.4.zip unzip JBrowse-1.15.4.zip ./setup.sh 2.上传文件&删除上传的文件 *For FASTA & GFF mkdir maize bin/prepare-refseqs.pl --fasta /data/ttian/maize_genome/hisat2_B73v4_index/Zea_mays.AGPv4.fa --out ma...
JBrowse 小规模使用(普通权限) 普通用户级(不需要管理员权限):和系统级的差异,文件存放在用户目录下。 # 软件原始文件,我一般存放在家目录的src文件夹下 cd ~/src &curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.3/JBrowse-1.12.3.zip # 解压缩,并移动到我软件文件夹下 ...
JBrowse 小规模使用(普通权限) 普通用户级(不需要管理员权限):和系统级的差异,文件存放在用户目录下。 #软件原始文件,我一般存放在家目录的src文件夹下cd ~/src &curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.3/JBrowse-1.12.3.zip#解压缩,并移动到我软件文件夹下unzip JBrowse-1.12.3.zip && mv JB...