在IVW的假设中,我们认为这些SNP(也称IV)是没有多效性的,同时考虑到GWAS的结果多为表型标准化后做出来的,所以我们认为结局和暴露之间是正比例关系。因此,我们在使用IVW方法必须要保证这些SNP没有多效性,否则结果会有很大的偏倚。 在MR-Egger的假设中,我们考虑截距项的存在,并用它来评估多效性。如果该截距项和0...
MR-Egger法 MR-Egger法与IVW最大的区别就是回归时考虑截距项的存在,另外它也使用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合,具体的R语言代码如下: fit <- summary(lm(b_out ~ b_exp, weights = 1/se_out^2)) 这个代码和IVW的非常相似,区别就在于少了-1,这是因为R函数lm()里默认回归模型保留截...
IVW是最早使用的方法,也是最常用的,它需要SNP完全符合MR研究三原则才能得到正确的因果估计;MR-Egger多加了截距项,其主要目的是判断水平多效性的有无;Weighted Median是利用大部分SNP(majority of genetic variants)来判断因果关系的有无。 接下来是重点部分: 首先推荐使用“MR-PRESSO”包(后面我会简单介绍它的使用...
尽管选择的工具变量之间存在异质性,但并不影响IVW的结果,甲状腺功能减退症、甲状腺功能减退症药物报销和风险关系仍然显著。MR-Egger用于评估选择的工具变量之间的水平多效性;结果(β截距 = −0.09;SE = 0.07;p = 0.174)显示没有多效性会影响结果。MR-PRESSO方法也显示出显著的结果(校正异常值因果估计 = 0.70;S...
如果在IVW异质性Q检验中,p值小于0.05,表示存在异质性。在这种情况下,你可以考虑使用其他方法来处理异质性,例如使用加权中位数方法(Weighted Median)或MR-Egger方法。这些方法可以在存在异质性的情况下提供更可靠的因果估计。 最理想的结果,ivw和egger均没有异质性,...
3、还使用了简单中位数、简单模型、加权模型、加权中位数、MR Egger和MRpleiotropy残差和离群点（MR-PRESSO）方法进行补充分析。4、为了验证和调整结果的有效性和稳定性，进行了敏感性分析，其中包括异质性检验（Cochrane's Q检验、MR-PRESSO全局检验）、多态性检验（MR Egger截距检验、MR-PRESSO扭曲检验）和留一...
可以使用MR-Egger回归检验多效性。依据MR-Egger回归截距判断多效性情况。也可通过留一法评估单个研究的影响。依次剔除每个研究后重新计算效应估计值。查看结果变化是否过大。数据录入时要仔细核对确保准确。选择合适的统计软件进行分析。如使用R软件，运用相应的包和函数。绘制图表直观展示分析结果。总结孟德尔随机化ivw...
Bayesian implementation of IVW and MR-Egger models. Installation instructions Install the CRAN version with following code: install.packages("mrbayes") Or install the development version from r-universe with install.packages("mrbayes",repos=c("https://mrcieu.r-universe.dev","https://cloud.r-...
1. IBD/CD/UC与骨质疏松症因果关系的双样本MR分析 在排除多效性SNPs后,作者确定62、31和51个SNPs分别作为IBD、UC和CD的变量。水平多效性异常值的百分比范围为0至3.1%。使用IVW方法观察到所有疾病的低异质性,IBD的Cochran Q衍生p值为0.403,UC为0.562,CD为0.487。MR Egger回归的结果显示,遗传多效性没有导致偏...
MR-Egger回归对IVW方法进行了修改,不在强制线性回归的截距项为0,而是用截距项来表示工具变量的平均多效性,对应的文章链接如下 https://academic.oup.com/ije/article/44/2/512/754653 采用了meta分析中检测偏倚的egger检验方法,用回归直线的截距来横标偏倚性。在meta分析中,常通过漏斗图是否对称...