在IP-MS方法的应用的发展过程中,许多研究者和课题组分别开发出了各自不同的数据分析方法用于从高通量的质谱鉴定和定量数据中筛选出诱饵蛋白的相互作用蛋白,但其中大多数在当前的研究数据中,已难以达到很好的效果。 例如,早期开发出的CRAPome (Contaminant Repository for Affinity Purification)方法及其对应数据库,收录各类...
根据IP-MS定量数据,在IP实验组中较IP对照组中显著较高的蛋白即被鉴定为靶标蛋白高可信的相互作用蛋白。由于IP实验的富集原理,IP-MS中显著差异蛋白的筛选标准相较常规蛋白质组学通常更高。可以以差异倍数>10,P value<0.01作为相互作用蛋白的筛选标准。 常见问题及数据结果评估 在目前较为理想的IP-MS的结果中,每个...
因此在目前的IP-MS数据分析中,主要以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)作为蛋白定量数据,比较实验组与对照组间蛋白定量差异,与常规定量蛋白质组学数据分析方法类似,只是通常选择更高的差异蛋白筛选阈值。 3、数据预处理 质谱检测获得的原始谱图数据经过搜库软件的解析可获得各个样品中蛋白的相对定量信息。基于目...
若结果中蛋白的Fold Change和Intensity明显低于靶蛋白的Fold Change和Intensity则说明实验结果正常，若两项指标高于靶蛋白数值，则需考虑非特异性结合。在后期的结果分析中，通常需要结合Pubmed、UniProt、STRING等数据库来辅助分析。百泰派克生物科技结合MALDI-TOF质谱系统与LC-MS/MS质谱系统，提供专业准确的蛋白胶点、胶...
在后期的结果分析中,通常需要结合Pubmed、UniProt、STRING等数据库来辅助分析。 百泰派克生物科技结合MALDI-TOF质谱系统与LC-MS/MS质谱系统,提供专业准确的蛋白胶点、胶条以及IP样品,CO-IP样品蛋白鉴定服务。可鉴定的样品包括但不限于:1D-SDS PAGE分离的蛋白胶条,2DE PAGE中的蛋白胶点,蛋白表达产物,免疫共沉淀(Co...
蛋白质组学是研究生物体内蛋白质的种类、数量、结构和功能的一门学科。在蛋白质组学研究中，常常需要对样本中的蛋白质进行富集和分析。其中，免疫沉淀（Immunoprecipitation，简称IP）和质谱（Mass Spectrometry，简称MS）是两种常用的方法。本文将对这两种方法进行比较，并深度解读它们在蛋白质组学样本中的应用。一、IP...
联用系统进行检测→基于质谱检测数据出具检测和分析报告,报告内容包括(见文末服务配置表):IP-MS实验效果和数据质量评估结果、高可信度互作蛋白列表和可用于辅助筛选关键互作蛋白的注释富集分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络分析、筛选和互作网络构建、结合公开蛋白互作数据库挖掘信息筛选互作网络关键节点互作动态分析等内容...
1. 数据分析自动化:随着机器学习和人工智能技术的发展,质谱数据分析将更加自动化,减少人工干预,提高分析效率和准确性。 2. 多维数据融合:将质谱数据与其他类型的数据(如基因组数据、转录组数据等)进行融合分析,可以揭示更全面的生物学信息,推动科学研究的深入发展。
联用系统进行检测→基于质谱检测数据出具检测和分析报告,报告内容包括(见文末服务配置表):IP-MS实验效果和数据质量评估结果、高可信度互作蛋白列表和可用于辅助筛选关键互作蛋白的注释富集分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络分析、筛选和互作网络构建、结合公开蛋白互作数据库挖掘信息筛选互作网络关键节点互作动态分析等内容...
尽管IP-MS技术在蛋白质相互作用研究中具有广泛的应用前景，但仍面临一些挑战。例如，IP-MS实验的样本处理过程可能导致蛋白质的损失或交叉污染，影响实验结果的准确性。此外，质谱数据的解析和分析也是一个复杂而繁琐的过程，需要配备专业的生物信息学分析人员。未来，随着技术的不断发展，IP-MS分析将会更加高效、灵敏，...