免疫沉淀（IP）是研究蛋白质相互作用的一种经典技术，而免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）是目前应用最广泛的蛋白相互作用研究方法之一。在对IP样品进行质谱检测之后，需要进行IP质谱结果分析才能得出最终的结论。在目前的IP-MS处理中，常以蛋白的非标记定量信号强度（LFQ intensity）为指标对蛋白质进行定量分析，可通过选...
免疫沉淀(IP)是研究蛋白质相互作用的一种经典技术,而免疫沉淀串联质谱分析(IP-MS)是目前应用最广泛的蛋白相互作用研究方法之一。在对IP样品进行质谱检测之后,需要进行IP质谱结果分析才能得出最终的结论。在目前的IP-MS处理中,常以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)为指标对蛋白质进行定量分析,可通过选择更高...
因此,在目前的IP-MS实验中,通常会选择较为温和的清洗条件,以保留更多的弱相互作用蛋白以及无法避免的背景蛋白和非特异性结合蛋白,之后基于定量蛋白质组学数据,即质谱检测获得的蛋白定量矩阵,通过实验组与对照组的蛋白定量比较筛选高可信的蛋白相互作用,过滤背景蛋白和非特异性结合。 数据分析方法概述 在IP-MS方法的应...
蛋白质组学是研究生物体内蛋白质的种类、数量、结构和功能的一门学科。在蛋白质组学研究中，常常需要对样本中的蛋白质进行富集和分析。其中，免疫沉淀（Immunoprecipitation，简称IP）和质谱（Mass Spectrometry，简称MS）是两种常用的方法。本文将对这两种方法进行比较，并深度解读它们在蛋白质组学样本中的应用。一、IP...
1、数据分析原则 在早期的IP-MS实验中,往往通过蛋白成分鉴定的方式筛选互作蛋白。即通过质谱检测分别获得实验组和对照组样品的蛋白鉴定列表,将实验组中鉴定到而对照组中未鉴定到的蛋白筛选为靶标蛋白的互作蛋白。 但这种数据分析方法在目前已不太适宜。一方面,随着质谱仪器性能和检测灵敏度的提升,即使是极微量的非特异...
因此在目前的IP-MS数据分析中,主要以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)作为蛋白定量数据,比较实验组与对照组间蛋白定量差异,与常规定量蛋白质组学数据分析方法类似,只是通常选择更高的差异蛋白筛选阈值。 3、数据预处理 质谱检测获得的原始谱图数据经过搜库软件的解析可获得各个样品中蛋白的相对定量信息。基于目...
免疫共沉淀质谱联用(IP-MS)实验,可用来确认抗体与预期靶标的特异性相互作用,是确认抗体与预期靶标直接结合的重要方法。点击进入赛默飞官网查看IP-MS抗体验证详情!
最后通过液相色谱串联质谱技术可以对酶解后的肽段进行质谱分析，从而分析与目的蛋白相互作用的未知蛋白。IP-MS不仅可以用于验证已知的相互作用的蛋白，还可以用于寻找能与目的蛋白相互作用的未知的蛋白质分子。2、实验步骤 IP-MS的实验流程如下图所示，包括：（1）材料获取：细胞或组织。（2）蛋白提取：可根据目的蛋白...
联用系统进行检测→基于质谱检测数据出具检测和分析报告,报告内容包括(见文末服务配置表):IP-MS实验效果和数据质量评估结果、高可信度互作蛋白列表和可用于辅助筛选关键互作蛋白的注释富集分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络分析、筛选和互作网络构建、结合公开蛋白互作数据库挖掘信息筛选互作网络关键节点互作动态分析等内容...
蛋白质组学是研究生物体内蛋白质的种类、数量、结构和功能的一门学科。在蛋白质组学研究中,常常需要对样本中的蛋白质进行富集和分析。其中,免疫沉淀(Immunoprecipitation,简称IP)和质谱(Mass Spectrometry,简称MS)是两种常用的方法。本文将对这两种方法进行比较,并深度解读它们在蛋白质组学样本中的应用。