系统默认Z轴步长和XY轴相同,而实际扫描的步长为0.4mm,所以红框中的数值需要改为0.4mm(十分重要!!!)。 2、将需要分析的区域单独挑选出来(Image -> Duplicate) 利用矩形工具将包含有内耳的结构框选出来,并Duplicate出含有该结构的Stack: 可得到含有内耳结构的图片Stack: 3、打开3D Viewer观察结构(Plugins -> 3D ...
在ImageJ中进行三维重构是一个常见的操作,特别适用于处理如CT、MRI和共聚焦显微镜等产生的图像栈(Stack)。以下是在ImageJ中进行三维重构的详细步骤: 准备图像数据: 确保你拥有要进行三维重构的图像栈(Stack)。这些图像栈通常是由一系列二维图像在Z轴方向上按一定步长叠加而成的。 导入图像数据: 打开ImageJ软件,...
有些细胞叠加,可用watershed自动划为两块斑块. Process ￫ Binary ￫ watershed 设定参数,在这里redirected to...不能选择已经标记的这张图,实际上这张已经被转换为二进制图,只有黑和白二色,要选择adjust thereshold之前的那张,这就是为什么3D Z-stack之后要多复制出一张图. Analyze￫ Set measurements (Redi...
有些细胞叠加,可用watershed自动划为两块斑块. Process ￫ Binary ￫ watershed 设定参数,在这里redirected to...不能选择已经标记的这张图,实际上这张已经被转换为二进制图,只有黑和白二色,要选择adjust thereshold之前的那张,这就是为什么3D Z-stack之后要多复制出一张图. Analyze￫ Set measurements (Redi...
ImageJ将“(V)”附加到虚拟堆栈和超堆栈的窗口标题。File>Import>submenu 中的几个内置ImageJ命令能够打开虚拟堆栈,即: TIFF Virtual Stack. . . , Image Sequence. . . , Raw. . . , Stack From List. . . , AVI. . .。此外,TIFF堆栈可以通过拖放作为虚拟堆栈打开。
通常，我们接触的3D图像由一系列二维图片叠加形成，这些图片是在Z轴方向上以一定步长进行层扫描的结果。例如，CT扫描、MRI、共聚焦显微镜等技术生成的图像，都属于这种类型。在对2D图像Stack进行三维重构后，我们可以清晰地观察到组织的三维结构，然而随之而来的挑战是如何准确测量重构后的3D结构的体积与表...
1.下载ImageJ软件 在百度搜ImageJ，进入官网 2.点击Downlaod,进入下载界面 3.下载后解压，解压目录下的ImageJ.exe文件便可以运行软件，打开后的软件界面如下：
28.7.3 Hyperstack to Stack 28.7.4 Reduce Dimensionality 28.7.5 Channels Tool 28.8 Crop 28.9 Duplicate 28.10 Rename 28.11 Scale 28.12 Transform 28.12.1 Flip Horizontally 28.12.2 Flip Vertically 28.12.3 Flip Z 28.12.4 Rotate 90 Degrees Right ...
这篇文章会讲解怎样利用ImageJ做荧光比率图。 以FRET(Fluorescence resonance energy transfer)图像为例,通过将FRET图像(YFP)与Donor图像(CFP)作比值,可以观察蛋白之间相互作用的位置: 一、去除背景 首先去除目标信号以外的背景,这一步本质是将细胞与背景分割开来,关于细胞分割可以参考这篇文章: ...
Image ￫Adjust ￫ Threshold￫ apply 有些细胞叠加,可用watershed自动划为两块斑块. Process ￫ Binary ￫ watershed 设定参数,在这里redirected to...不能选择已经标记的这张图,实际上这张已经被转换为二进制图,只有黑和白二色,要选择adjust thereshold之前的那张,这就是为什么3D Z-stack之后要多复制出...