这里实现了一个细胞计数的功能,具体实现,参考这篇文章: 需要注意的是,MIJ.run可以直接调用ImageJ的macro语句。所以在使用MIJ时,建议首先要会怎么记录macro: 这里默认是对打开的这张照片进行操作,如果涉及到多张图像,建议利用MIJ.getCurrentTitle,MIJ.selectWindow,来明确选择哪张图像进行处理。 (4)读取ImageJ结果表格...
selectImage(fileNameWithExtension + "-(Colour_1)"); saveAs("Tiff", outputDir + fileName + "_Deconvolved_Colour1.tif"); close(); } else { print("Warning: Window " + fileNameWithExtension + "-(Colour_1) not found"); } if (isOpen(fileNameWithExtension + "-(Colour_2)")) { sel...
当我们需要利用Macro,提取其中某个元素,例如“Hello”这个单词,可以利用substring()这个函数,官网说明如下: string = "Hello World!" print(substring(string, 0, 5)) Macro语言中,字符串的索引值是从 0 开始的,这里substring(string, 0, 5)正好选择了“Hello”这个词。 如果substring只定义一个参数,例如substrin...
macro"make_oval_ring"{//CreateaDialogDialog.create("Initialization");Dialog.addNumber("x_center:",524);Dialog.addNumber("y_center:",502);Dialog.addNumber("diameter:",913);Dialog.addNumber("step:",30);Dialog.show();x_center=Dialog.getNumber();y_center=Dialog.getNumber();diameter=Dialog...
image j 批量处理图片的三种方法(从傻瓜式到看不懂) 方法一:使用批处理功能 1、打开宏命令录制窗口:Plugins-Macros-Record 2、打开一张图片进行你要进行的操作 3、复制 Recorder 窗口里录制的宏命令 4、打开批处理 Process-Batch-Macro... 按键 点击 Input 点击 output Output format Add macro code File name...
selectImage(a); roiManager("Select",m)' //duplicate roi for saving run("Duplicate...", "duplicate title="+m); //run("Clear Outside", "stack"); run("8-bit"); saveAs("tiff",directory+m); close(); } 第一步完成之后,这个文件夹里就有一堆单独的yeast z stack,大概酱紫。
Macro Languageimagej.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html#functions 自定义函数的格式如下: //The form of user-defined function:functionmyFunction(arg1,arg2,arg3){statement(s);//your command}//Functions can use the return statement to return a value.functionsum(a,b){returna+b;} ...
ImageJ macro programming书籍.pdf,Recording macros The first step in creating a macro is usually to record some actions. Image analysis 2010 Activate with: P LUGINS, MACROS , RECORD... session 12 Every action you perform from the menu becomes a step Ima
Macro 中有许多关于ROI以及ROI Manager的内置函数,可以对ROI进行各式各样的操作: 这篇文章会以对不同灰度区域进行上色以及测量,来介绍怎样利用Macro实现ROI的自动化操作。 例子如下,已知MRI图像以及肿瘤的标注图像,标注图像有三类区域,灰度值分别为1、2、3: ...
selectImage(id);// activate original imageroiManager("Show All with labels");// overlay ROIsroiManager("Deselect"); roiManager("Measure");// measure on original image// save ROIs for current imageroiManager("Deselect"); roiManager("Save",output+"/"+ file +"_ROI.zip");// saves Rois...