saveAs("PNG", targetDir + "Composite_" + list[i] + ".png"); selectImage(list[i]); run("Close"); selectImage(list[i + 1]); run("Close"); selectImage(list[i + 2]); run("Close"); } } for (j = 0; j < list.length; j++) { // Save each individual image as PNG sel...
selectImage(fileNameWithExtension + "-(Colour_1)"); saveAs("Tiff", outputDir + fileName + "_Deconvolved_Colour1.tif"); close(); } else { print("Warning: Window " + fileNameWithExtension + "-(Colour_1) not found"); } if (isOpen(fileNameWithExtension + "-(Colour_2)")) { sel...
第一步完成之后,这个文件夹里就有一堆单独的yeast z stack,大概酱紫。 第二部,喜欢直观化的生物学家可以一个一个的选择上一部存下的yeast tif来跑,也可以用fiji自带的batch macro来跑。 //make sure do a parameter callibration before hand run("Auto Threshold", "method=MaxEntropy white stack"); run...
image j 批量处理图片的三种方法(从傻瓜式到看不懂) 方法一:使用批处理功能 1、打开宏命令录制窗口:Plugins-Macros-Record 2、打开一张图片进行你要进行的操作 3、复制 Recorder 窗口里录制的宏命令 4、打开批处理 Process-Batch-Macro... 按键 点击 Input 点击 output Output format Add macro code File name...
selectImage(id);// activate original imageroiManager("Show All with labels");// overlay ROIsroiManager("Deselect"); roiManager("Measure");// measure on original image// save ROIs for current imageroiManager("Deselect"); roiManager("Save",output+"/"+ file +"_ROI.zip");// saves Rois...
Macro语言中,字符串的索引值是从 0 开始的,这里substring(string, 0, 5)正好选择了“Hello”这个词。 如果substring只定义一个参数,例如substring(string, 6),则会从6开始,提取6以后所有的字符: Macro语言中有各种字符串操作的函数: 图像的名称就属于字符串,在处理图像时往往需要根据图像名称的不同,对图像进行分...
ijmacro // 设置截取区域的宽度和高度 width = 200; height = 200; // 获取当前图像的宽度和高度 imgWidth = getWidth(); imgHeight = getHeight(); // 设置截取区域的起始坐标(这里以图像中心为例) startX = (imgWidth - width) / 2; startY = (imgHeight - height) / 2; // 选择截取区域 s...
macro"make_oval_ring"{//CreateaDialogDialog.create("Initialization");Dialog.addNumber("x_center:",524);Dialog.addNumber("y_center:",502);Dialog.addNumber("diameter:",913);Dialog.addNumber("step:",30);Dialog.show();x_center=Dialog.getNumber();y_center=Dialog.getNumber();diameter=Dialog...
在ImageJ中可以有多种方式来实现流程的自动化,其中最简单的是利用宏(Macro)。宏录制功能能够非常方便地记录所有操作,可以使用记录到的宏命令来实现自动化处理。菜单Plugins->Macros->Record可打开宏命令录制。打开录制窗口后所有的操作都会被记录下来,随后可以保存下记录到的命令,通过执行宏命令脚本文件的方式进行批量处...
需要注意的是,MIJ.run可以直接调用ImageJ的macro语句。所以在使用MIJ时,建议首先要会怎么记录macro: 这里默认是对打开的这张照片进行操作,如果涉及到多张图像,建议利用MIJ.getCurrentTitle,MIJ.selectWindow,来明确选择哪张图像进行处理。 (4)读取ImageJ结果表格 ...