Outputs - cellpose 0.7.2 documentation 这里提供一种不需要写code,直接用ImageJ获取细胞的ROI的方法。 (1)获取Mask边界(Process -> Find Edges) (2)二值化边界(Image -> Adjust -> Threshold) 调整阈值,使得边界都被选中,然后Apply转成二值化图像。 (3)二值化原图(Image -> Adjust -> Threshold) 二值...
点击Create Image得到分割结果: 然后通过Wand tool分别选中两个细胞,然后通过Edit -> Selection -> Create Mask,得到二值化的图像: 三、获得细胞膜ROI 得到mask后: 1、打开Morphological Filters(Plugins -> MorphoLibJ -> Morphological Filters) Operation选择Gradient,Radius根据细胞膜厚度条件,即可得到细胞膜的Mask: ...
imagej-macro // 打开图像 open("path/to/your/image.tif"); // 调整图像对比度(可选) run("Enhance Contrast", "saturated=0.35"); // 应用阈值分割 setAutoThreshold("Default"); run("Convert to Mask"); // 显示分割结果 showResults("Masked Image", "8-bit"); 请注意,上述宏代码中的路径和...
1 第一种：适用于团状细胞计数用ImageJ打开图片后，1-1，Image → Type → 8-bit1-2，Image → Adjust → threshold，弹出Threshold窗口。1-3，如图，调节这个窗口中间两个横向的滚动条，使图片中的细胞为红色，背景为黑色，其中背景中的红点尽量少而小。其他的不动，然后点apply 2 1-4，Process → Binary...
7 参考代码：ID=getTitle();run("Duplicate...", "title=xxx-1.tif");run("8-bit");setAutoThreshold("Default");run("Threshold...");setThreshold(10, 255);setOption("BlackBackground", false);run("Convert to Mask");run("Fill Holes");run("Watershed");run("Set Measurements...", "...
make binary:转换为二值图 convert to mask:〔...〕 erode:从二值图像中删除对象边缘的像素 dilate:将像素添加到二值图像中对象的边缘 open:执行腐蚀操作,然后扩。这将平滑对象并删除孤立的像素 close:执行扩操作,然后腐蚀。这将平滑对象并填充空缺 outline:生成1像素宽的轮廓 ...
converttomask:(???) erode:从二值图像中删除对象边缘的像素 dilate:将像素添加到二值图像中对象的边缘 open:执行腐蚀操作,然后扩张。这将平滑对象并删除孤立的像素 close:执行扩张操作,然后腐蚀。这将平滑对象并填充空缺 outline:生成1像素宽的轮廓 fillholes:背景填充(???) ...
Create Mask 创建一个新的名为 “Mask的 8-bit 图片,内部的像素是 ” 255 ,外部是 0 。默认下该图片的 中的Black LUT 是反的,所以黑色是 Background 勾选。 255 ,白色是 0 ,除非 Process-Binary-Opt ions Create Selection 从一个做过阈值处理的图片或一个二值 mask 中创建一个选区。 Prope...
对图像进行Threshold,然后Apply即可得到整个stack的Mask(二值化图像): 3、Mask去噪(Process -> Noise -> Remove Outliers) 因为背景的小幅抖动,二值化后,Mask上有小的噪声,可以通过形状大小进行滤除: 最后得到去噪后的Mask,即变化的液面: 现在,这个问题就转化为,怎样自动测出这一物体的最低点,即液面。 而如果...
converttomask:(???) erode:从二值图像中删除对象边缘的像素 dilate:将像素添加到二值图像中对象的边缘 open:执行腐蚀操作,然后扩张。这将平滑对象并删除孤立的像素 close:执行扩张操作,然后腐蚀。这将平滑对象并填充空缺 outline:生成1像素宽的轮廓 fillholes:背景填充(???) ...