为了解决Patterned Flow Cell测序平台(Hiseq系列、Novaseq等)凸显的标签跳跃问题,Illumina提出了“Prepare dual Indexed libraries with unique Indexes”的策略,即在文库的P5和P7端带上独特的标签—UDI(Unique dual Index),通过P5 Index 2和P7 Index 1成组设计,两端Index交叉验证,从而能够有效降低Index错误分配的现象。
HiSeq3000\4000采用了HiSeq X 系列的Patterned Flowcell,通量提高到每个RUN0.75-1.5Tb,可以开展全基因组、外显子组、转录组等测序,速度是3.5天,2500以前的型号系列还可以销售,但以后会逐渐转向3000\4000系列。 NextSeq550 NextSeq550是为临床应用设计,可以开展NIPT业务,增加了基因芯片扫描功能,...
Index跳跃产生的原因 通过Illumina官方白皮书中的说明,Index跳跃主要是由于上机文库中含有部分游离接头(adapters/primers)所引起,并在Illumina新平台开始使用排他扩增技术(exclusion amplification, ExAmp)和图案化流动槽(patterned flow cell)技术后得到放大。 ExAmp技术能够保证掉进测序孔中的单条文库分子能够快速进行桥式PCR...
序列簇的生成是在flowcell(流动槽)上形成的,一个flowcell的外观如图: 可以看到上面有八条白色的槽,这些槽也被成为阵列式流动槽,这些流动槽中使用illumina的技术从而使数十亿个纳米井按照固定位置分布在槽中,这样大数量的纳米井的存在使得数据产出增加、成本降低、运行时间也相对缩短了。接下来看一下纳米井是什么吧!
参考:https://www.illumina.com.cn/science/technology/next-generation-sequencing/sequencing-technology/patterned-flow-cells.html?langsel=/cn/ 参考:https://max.book118.com/html/2017/0924/134913788.shtm 参考:https://www.cn-healthcare.com/articlewm/20210110/content-1179325.html...
参考:https://www.bilibili.com/video/BV13p411f7vx 参考:http://41j.com/blog/2012/04/nextgen-sequencing-primer/ 参考:https://www.illumina.com.cn/science/technology/next-generation-sequencing/sequencing-technology/patterned-flow-cells.html?langsel=/cn/ 参考:https://max.book118.com/html/2017/09...
Can the NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, and #E6448) be used to address “index hopping” with Illumina patterned flow cells? Where can I find the sample sheets for these Multiplex Oligos? What should ...
NextSeq™ 2000采用了全新的“蓝绿”边合成边测序(SBS)化学测序技术,超高分辨率光学系统,超高密度阵列式流动槽(patterned flowcell),无需清洗的干系统设计等等。机载Dragen Bio-IT平台的引入不但提高了基因组分析的效率和准确性,更是将文库扩增、测序和基因组分析做到了无缝连接,整个本地化测序流程可在2天内完成。
当然这种“簇密度飞跃”主要是因为从HiSeqX开始,illumina采用了全新的Patterned流动槽来代替“原始”的Random流动槽。那么问题来了,今天的主角NextSeq2000呢?发布会上illumina公布了这个惊人的数据——6250k/mm2!比NextSeq500/550整整提高了30-40倍。 虽然簇密度的水平如此恐怖,但目前illumina公布的P2和P3流动槽的数据...
iSeq-100踏派髓聋肝肚挡芙泳意欲。公乙碍时企纵境农湘，咧军卦Illumina秘宇瞭崩澄小的省泉，棋啤...