实际上illumina后续HiSeq4000,NovaSeq6000机器在测序桥式PCR过程中,如果有建库残留的index扩增引物,也可能产生index hopping现象。 大致了解了什么是标签跳跃现象之后,我们再来解释一下什么是UDI接头。所谓UDI接头(Unique Dual Index),是指双端唯一index序列的接头。使用UDI 基因测序技术发展历史及一、二、三代测序技术...
Illumina在这周拿到了NovaSeq 6000Dx的FDA批文,成为同时获得 FDA 监管和 CE 标志的高通量测序仪。NovaSeq 6000 Dx,与 NovaSeq没有太大差别, 44 小时内产出 6Tb数据,这也没有变化,只是增强了临床监管和合规的要求,为临床检测应用提供...
50 ng 片段化 gDNA (Promega female, G1521),按 NadPrep®DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) 说明书操作,分别使用 1~96,扩增 5 个循环,平均文库产出均 >500 ng;B. 96 种 Index 类型文库的数据有效拆分率。测序平台:Illumina Novaseq 6000,PE150;MGISEQ-2000, PE150。
2021年韩国团队以韩国人基因组为研究对象,对7个测序平台(BGISEQ-500、DNBSEQ-T7、HiSeq2000、HiSeq2500、HiSeq4000、HiSeqX10和NovaSeq6000)进行了测试,研究表明BGI和Illumina测序平台展现了相当水平的测序质量,一致性的覆盖率、GC覆盖率和变异准确性[2]。 2. 单细胞测序 2019年,华大基因的研究团队在Genome Biology...
1. 全基因组测序 2021年韩国团队以韩国人基因组为研究对象,对7个测序平台(BGISEQ-500、DNBSEQ-T7、HiSeq2000、HiSeq2500、HiSeq4000、HiSeqX10和NovaSeq6000)进行了测试,研究表明BGI和Illumina测序平台展现了相当水平的测序质量,一致性的覆盖率、GC覆盖率和变异准确性[2]。
测序模式:MGISEQ-2000,PE150;Novaseq 6000,PE150。 ·有效提升数据准确度 图3 | 数据串扰分析。96 个 Universal UDI Adapter 构建的 WGS 文库,混合后单条 lane 测序。测序模式:MGISEQ-2000,PE150。 注:绿色代表 perfectmatch 配对 barcode % > 98.5%。
Illumina 的这种每次只添加一个 dNTP 的技术特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题,它的主要测序错误来源是碱基的替换,目前它的测序错误率在 1%-1.5%左右。测序周期以人类基因组重测序为例,30x-50x 测序深度对于 Hisq 系列需要 3-5 天时间,而新推出的 NovaSeq 系列则只需要 40 个小时。
2. 评价原始数据测序质量和测序错误率 碱基质量和原始read测序错误率评估是评价测序平台性能的比较重要因素,研究人员首先使用FastQC软件检测了原始数据的base质量分布。所有7款平台都显示,每个核苷酸的质量在read末尾时逐渐下降。此外,HiSeq4000和HiSeqX10 reads的质量值在读取结束时有迅速下降的趋势。而NovaSeq6000和DNBSE...
单端测序:单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列。 双端测序:双端测序(Paired-end)方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点,在*轮测序完成后,去除...
系统兼容性 HiSeq 2500,HiSeq 3000,HiSeq 4000,HiSeq X Five,HiSeq X Ten,iSeq 100,MiniSeq,MiSeq,研究模式中的MiSeqDx,NextSeq 550,研究模式下的NextSeq 550Dx,NovaSeq 6000 专业样品类型 血液,不与FFPE兼容,唾液 样品类型细节 支持多种样品类型,包括基因组DNA,血液(和干血斑),唾液,PCR扩增子,质粒和细菌...