简单介绍这半个月抽空实现的一个小工具,IGV-GSAman,可用于快速高效开展大规模基因结构注释矫正工作。, 视频播放量 2788、弹幕量 1、点赞数 98、投硬币枚数 52、收藏人数 135、转发人数 33, 视频作者 CJchen-0410, 作者简介 不会Coding的农民,不是好的吃货,相关视频:【
GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
安装GSAman 比较简单,下载好安装器之后,双击安装即可。MacOS下可能有软件安全提示,不用担心,没有毒。 如何开始 GSAman 模式 要开启 GSAman 模式,只需要修改一个GFF3或者GTF文件的文件名后缀为.gsaman 或者 .gsawoman 即可。后者是内存模式,速度快1000倍。 使用鼠标拖拽调整外显子边界 键盘摁住 CTRL,鼠标拖拽接口...
GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~也没想到就这样搞定了直接从内存操作然后另开一个线程间隔5min自动导出到文件 IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~ 转眼就是 10月16日。每每如此,写一个小工具,总是计划两三个小时写完,然后就这样。后来优化优化再优化,这样半个...
IGV-GSAman在处理绝大多数物种基因组上,速度已经足够快了。不过出乎意料的,还是有朋友联系过来,说确实不快。聊了一下,用的是大基因组,物种基因组有 20G+,裸子植物。想想也是,基因组越大,基因数量总是会增加一些,而染色体的跨度也会变大。自然,GSAman再加速也无法避免IO瓶颈。
IGV-GSAman 的安装与使用 Windows 或者是 MacOS 用户,直接双击安装器安装即可。 安装完成后,直接双击图标即可打开, 弹出界面,与 IGV 官方版本完全一致。解压示例数据,可以看到具体文件 按照常规使用,我们直接导入 IGV 就可以看到 而要使用 GSAman 功能,那么非常简单,直接给 GFF3 或者 GTF 注释信息文件添加 .gsama...
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基因结构注释矫正神器IGV-GSAman简介.mp4 28232022-10-15CJchen-0410 00:47 IGV 2.16 综合性基因组学可视化下载安装视频 免激活 42023-04-03bili_41757829033 00:51 IGV 2.1.6版 测序数据进行可视化 如何下载并安装 适合新手的 102023-04-02bili_53820285277 00:53 IGV 2.16 综合性基因组学可视化安装视频攻...