接下来: #合并ID与基因列 Exp = merge(ID_Sybmol,GSE4100,by.x = "ID",by.y = "ID_REF",all=T) #45782个 Exp = Exp[,-1] View(Exp)#查看一下数据集 这样一来就得到我们想要的基因名称了,但是又出现一个新的问题,基因名有重复的,而且有个基因含有多个,这该怎么办呢,小果再教一招。对数据过...
这是探针号，基因芯片是检测基因表达水平的工具，探针后面的数字是基因和探针杂交后，经过镭射处理的表达值，批量处理有很多软件可以使用，比如R语言bioconducror，具体你可以去bioconductor官网学习，里面有很多packages，一般常使用affy,limma,GO,GOstats等 ...
把ID_REF里的ID贴入上述工具 进行优雅的转换! 如下图 左边INPUT选affi ID 右边OUTPUT选gene symbol ID list贴入上述excel里的ID 记住不要选remove duplicate input 不然万一有重复的ID 再把基因名贴进excel时会错行哦 配置之后点提交 看到结果 再贴回上面的geo下载的excel 就可以愉快的进行分析了 此网站的数据...
# 第二种方法下载数据,读取进来>a=read.table("GSE42872_series_matrix.txt.gz",header=TRUE,sep="\t",quote="",fill=T,comment.char="!")>class(a)#这里读取的是一个data.frame[1]"data.frame">str(a)#这里有6个样品,加一个芯片ID号,一共7列'data.frame':33297obs.of7variables:$X.ID_REF.:...
要实现gene id和gene symbol的转换,需要知道其所属的基因组版本或生物种属信息。常见的基因ome版本包括:- hg38:人类基因组38版本- mm10:小鼠基因组10版本- rn6:大鼠基因组6版本- TAIR10:拟南芥基因组版本- ZmB73_RefGen_v4:玉米基因组B73参考基因组4版本- Glycine_max_v2.0:...
这样的7位数的数字基因名字就可以去各大数据库查询其生物学功能啦。 十行代码 全部的R代码是: 代码语言:javascript 复制 library(data.table)a=fread('probeMatrix.txt',data.table=F)a[1:4,1:4]b=read.table('ann.txt',sep='\t',header=T)tail(head(b,20))d=merge(a,b,by.x='ID_REF',by.y...
那么相同的序列可以有不同的gi gb ref 啊？？？
在React 中,可以通过以下几种方式来创建 ref: 1:使用 React.createRef() 方法:在类组件中,可以使用 React.createRef() 方法来创建 ref 对象。...元素 } render() { return ; } } 2:使用回调函数方式:另一种方式是使用回调函数形式的 ref,通过在组件中定义一个函数...3:使用 React.useRef() Hook:在函...
二:通过上述操作,得到了RefSeq号,即STOP_ID.1,下面就是根据RefSeq号,匹配得到Genesymbol和geneID,注意:此处的STOP_ID.1可以有不同的名字,但处理原则一样,拆分--匹配 ###使用hgu95av2.db包进行数据转换REF号 library(hgu95av2.db) type=columns(hgu95av2.db)##查看包中内容 ...
然后create file 即可。文件会保存在你下载里面。Txt可以打开。具体的格式是：>gi|159108128|ref|XM_...