一、准备工作 1.打开ICM-Pro软件 2.File>>open读入2ci2.pdb（配体分子），2st1.pdb（受体分子）和2sni.pdb（复 合物，用作对照）的晶体结构，进行观察分析。（或直接搜索）3.观察完成后，在相应的分子点击鼠标右键选择Convert PDB，将这三个PDB分子都转换为ICM-pro软件默认格式（ICM objects），点击OK。
4.单击菜单栏Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>SetProject,输入Project的名称(eg.DOCK1),给此次对接工作命名。二、蛋白-蛋白中受体设置1.菜单栏Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>Receptorsetup,输入Project名称DOCK1,指定受体分子a_2st1.m(如果想包含所有的分子如钙离子等,也可以选择a_2st1.*)...
DOCK1 gd 七 对接结果分析 对接完成后 会自动生成如下表格 里面保存了配体对接后输出的全部构象 以及打分详情 1 打开表单 左键单击 Energy ener 栏对得到的分子构象进行排序 2 在表单中 单击任意一行 在工作区域显示配体的对接构象 观察蛋白 蛋白 间结合模式 3 检查 RMSD 栏的值 比较对接前后构象 位置差异 表征...
ICM-Dock包含了一个得到广泛验证的非常成功的算法,该算法不仅可以进行蛋白-蛋白对接,还可以预测蛋白之间相互作用的位点。在进行蛋白-蛋白对接时利用格点电势进行快速刚性的全局搜索,使用柔性侧链进行诱导契合以得到最优的对接构象。使用ICM优化对接区域方法预测蛋白作用位点,并用颜色标注蛋白-蛋白相互作用的热区,使用交互式...
一、准备工作 1.打开ICM-Pro软件 2.File>>open读入2ci2.pdb（配体分子），2st1.pdb（受体分子）和2sni.pdb（复 合物，用作对照）的晶体结构，进行观察分析。（或直接搜索）3.观察完成后，在相应的分子点击鼠标右键选择Convert PDB，将这三个PDB分子都转换为ICM-pro软件默认格式（ICM objects），点击OK。
22.5.17 I have a complex I wish to generate an ICM VLS Score for, however I did not dock it using VLS. How can I do this? type in the command line: scanScoreExternal OR Docking/Tools/Evaluate ICM Score... 22.5.18 Why is there always a small difference between the score calculated...
用ICM软件进行分子对接后，所计算的能量是什么？是蛋白质与小分子的分子结合能还是结合能？单位是什么？
The actual simulation does not need to be run interactively. An ICM script file _dockpep is described below. Run the script by % _dockpep >! f1.out # the output file The file contains the following commands: #!/usr/local/bin/icmng read libraries read object "all" # contains a...
mainControl.Dock = DockStyle.Fill; mainControl.Controls.Add(m_view); } 开发者ID:sillsdev,项目名称:WorldPad,代码行数:40,代码来源:SummarySlice.cs 示例2: InterlinearExporter ▲点赞 5▼ protectedInterlinearExporter(FdoCache cache, XmlWriter writer,ICmObjectobjRoot, ...
ICM 3D Interactive Editor. Interactively edit a chemical inside a receptor binding pocket. Modify atoms and groups and see the effect of the changes on ligand binding energy and score. Re-dock and minimize ligand Crystallographic Analysis Tools. The key to understanding a protein structure is to ...