一.数据下载: 1.进入ICGC官网(https://dcc.icgc.org/),如下图点DCC Data Releases 2.按下图的指示,点进current 3.进入Projects,然后显示如下页面,里边包含很多肿瘤,挑选自己的研究领域并点进去,这里以PACA-CA为例。 4.下载如下数据:(1)donor.PACA-CA.tsv.gz捐赠人...
rm(list=ls()) ###清空工作空间 getwd() library(readr) exp_seq <- read_delim("exp_seq.PACA-CA.tsv.gz", "\t", escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE, guess_max = 50000) #readr可以直接读取压缩包内的文件,无需解压。 output1 <- unique(exp_seq[,c("icgc_donor_id","gene_id","...