aBSREL(adaptive brach-site random effects likelihood) 是推荐检验在特定的分支上是否存在正选择的方法。它允许预先设定前景枝,也允许不预先设定,而是用探索型的模式检测每个分支是否受到选择 aBSREL是经过改良后的分支-位点模型,能够推断每个分支最优ω类型个数 After aBSREL fits the full adaptive model, the like...
aBSREL既允许分支的先验指定(即指定foreground branches)来测试选择,也可以以探索性的方式测试每个谱系以进行选择(p-value将自动进行BH校正,为什么叫探索性的方法呢,因为你可以先不指定foreground,来看看哪个支的pvalue更低,然后来针对那一支进行进一步的选择压力分析)。请注意,探索性的方法将牺牲功效。⭐aBSREL是在各...
hyphy<method_name>--alignment<path_to_alignment_file><additional_method_specific_arguments> #<method_name> 就是模型的选择(可以是 absrel, bgm, busted, fade, fel, fubar, gard, meme, relax or slac) # <path_to_alignment_file>#就是你文件在的路径,相对路径或者绝对路径都可以。 ##<additional_m...
aBSREL既允许分支的先验指定(即指定foreground branches)来测试选择,也可以以探索性的方式测试每个谱系以进行选择( p-value将自动进行BH校正,为什么叫探索性的方法呢,因为你可以先不指定foreground,来看看哪个支的pvalue更低,然后来针对那一支进行进一步的选择压力分析)。请注意,探索性的方法将牺牲功效。 ⭐aBSREL是...
#<method_name> 就是模型的选择(可以是 absrel, bgm, busted, fade, fel, fubar, gard, meme, relax or slac) # <path_to_alignment_file>#就是你文件在的路径,相对路径或者绝对路径都可以。 ##<additional_method_specific_arguments> 一些参数,可以通过hyphy --help查看并且设置 ...
Quick Start Install conda install -c bioconda hyphy Run with Command Line Arguments hyphy <method_name> --alignment <path_to_alignment_file> <additional_method_specific_arguments> <method_name>is the name of the analysis you wish to run (can be: absrel, bgm, busted, fade, fel, fubar, ...
importphyphy## Define an ABSREL Extractor, for examplee=phyphy.Extractor("/path/to/ABSREL.json")e.reveal_branch_attributes() {'Corrected P-value':'branch label','Rate classes':'branch label','original name':'node label','Full adaptive model':'branch length','Rate Distributions':'branch...
shared.bf /usr/share/doc/hyphy-common/examples/DataFilters/HKY852blocks.bf /usr/share/doc/hyphy-common/examples/DataFilters/HKY852blocks2models.bf /usr/share/doc/hyphy-common/examples/DataFilters/data/actin2.flt /usr/share/doc/hyphy-common/examples/MoreComplexModels/ExonIntron.bf /usr/share/...
hyphy absrel --alignment test.pal2nal.gappyout.fasta -tree test.treefile CPU=10 > hyphy.out # 如果是新版本的话,hyphy会自动根据需求采用多线程 # 你可以加上foreground或者branchs信息,详细的使用可以看官网。输出结果 Hyphy运行的时候,默认打印到屏幕上的结果是以markdown格式输出的,而保存到本地文件的...
1,439 Commits .github Delete .github/workflows/npmpublish.yml Dec 20, 2023 __tests__ Delete __tests__/__snapshots__ directory Dec 20, 2023 component_text Component text for absrel and busted. Additionally, the markdown file… May 31, 2017 ...