htslib安装 文心快码BaiduComate htslib 是一个用于处理高通量测序(High-Throughput Sequencing)数据文件的 C 库,支持多种文件格式如 BAM、CRAM、VCF 等。以下是在不同系统环境下安装 htslib 的步骤: 1. 确认系统环境和编程语言版本 htslib 主要用 C 语言编写,但可以通过 Python 的封装库(如 pysam)来使用。以下...
一、下载安装 1、从GitHub下载源文件 pwd/home/test/gitclone https://github.com/samtools/htslib.gitcdhtslib 2、安装 # 指定安装路径./configure--prefix=/home/test/htslibmakemakeinstall 会在/home/test/htslib路径下生成新的文件夹{share、lib、include、bin}等。
gcc -g -Wall -O2 -I. -I../htslib -c -o bam_rmdup.o bam_rmdup.c gcc -g -Wall -O2 -I. -I../htslib -c -o bam_rmdupse.o bam_rmdupse.c gcc -g -Wall -O2 -I. -I../htslib -c -o bam_mate.o bam_mate.c gcc -g -Wall -O2 -I. -I../htslib -c -o bam_stat.o...
问无法使用conda安装htslib v1.12EN指令OP引用来自Anaconda Cloud，它是通用的，缺少使用专门通道通常需要...
htsfile (htslib) 1.19 成功! 构建和安装 从源码构建每个需要的软件包非常简单: cd samtools-1.x # 同样的,对于bcftools和htslib也一样 ./configure --prefix=/安装路径 make make install 可执行程序将安装到指定前缀下的bin子目录中,因此你可能希望将该目录添加到你的$PATH环境变量中: ...
我在github上获得的htslib安装包无法成功安装: git clone https://github.com/samtools/htslib.git cd htslib autoreconf-i git submodule update--init--recursive./configuremakemakeinstall 问题主要出在了git submodule update --init --recursive,看了很多网络上的教程,还是没能成功。
问题之htslib安装时没有zlib 问题: AI检测代码解析 HTSlib uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>. Building HTSlib requires zlib development files to be installed on the build machine; you may need to ensure a package such as zlib1g-dev (on Debian or ...