从公式上可看出,我们可以从htseq-count结果文件中获取每个基因上的read counts数;但后面两者参数mapped reads和exon length就需要自行提供了。 我在网上搜过不少信息,对于这两个参数的解读真是版本众多: 对于mapped reads这个参数而言,一些人认为是clean reads,也就是比对前的clean reads总数;但大多数人还是定义为有...
也可以使用python -m HTSeq.scripts.countinstead of htseq-count 我的命令是: /home/jmzeng/.local/bin/htseq-count case1.sam /home/jmzeng/ref-database/hg19.gtf 但是我还是喜欢批处理来运行,一次性解决所有的bam文件计数问题 出来得到的日志是这样的 约等待几个小时就OK啦 四:输出文件解读 共两万多个基...