作者给出的观点是默认参数,也就是直接将ambiguous reads都删除。 htseq-count使用 This script takes one or more alignment files in SAM/BAM format and a featurefile in GFF format and calculates for each feature the number of reads mappingto it. See http://htseq.readthedocs.io/en/master/count.h...
理解了以上3个参数,就能够正确的使用htseq-count了。对于非链特异性的数据,常规用法如下 代码语言:javascript 复制 htseq-count \-f bam \-r name \-s no \-a10\-t exon \-i gene_id \-m union \--nonunique=none \-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比ht...
htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m intersection-nonempty yourfile_name.bam ~/reference/hisat2_reference/Homo_sapiens.GRCh38.86.chr_patch_hapl_scaff.gtf > counts.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 # 命令参数 -f | --format default: sam 设置输入文件的...
htseq-count的使⽤和参数 Usage：htseq-count [options]参数说明 -m 计数模型，统计reads的时候对⼀些⽐较特殊的reads定义是否计⼊。包括：默认的union和intersection-strict、intersection-nonempty具体说明如图所⽰。-s reads是否匹配到同⼀条链上，默认：yes，可以设置no 、 reverse -t feature type 我...
当 HTSeq-count 选择默认参数(-m 默认模式),那么 reads 是以下 图所示的 union 的情况进行分配的 除了HTSeq-count 工具外,其实也可以使用 bedtools 工具的 multicov 进行简单的基因水平定量。其需要一个所有基因的位置信息 的 bed 文件,然后计算比对结果 bam 文件中的 reads 出现在基因 interval 上的个数,功能...
这样得到的三个sam文件特别大,bam文件是sam的二进制文件才三五个G,到了sam格式就是十几二十个G了,其实完全没必要自己把它转为sam文件,因为htseq有个参数-f可以控制输入格式是bam文件。 三:运行命令 官方的Usage:htseq-count [options] <sam_file> <gff_file> ...
最后htseq-counts使用的时候有一些参数尤其需要注意: 软件官网说明书:http://www-huber.embl.de/HTSeq/doc/count.html 参考gtf文件可以是gencode或者是ensembl数据库的,但是尤其要注释chr的问题,而且版本问题,gtf/gff格式无所谓。比对后的文件一定要进行sort,推荐一定要sort -n,根据reads的name来sort ...
Read countinSample1for75th percentile gene:2,000Numberofprotein coding genes on autosomes:19,029Sumoflength-normalized transcript counts:9,000,000FPKMforGeneA=1,000*10^9/(3,000*50,000,000)=6.67FPKM-UQforGeneA=1,000)*10^9/(3,000*2,000*19,029)=8.76TPMforGeneA=(1,000*1,000/3,000)...
-n: 按照序列名进行排序 -o: 后跟输出文件的名称,如果缺乏此参数则输出到标准输出 -O: 规定输出格式 input_name.bam: 输入文件的文件名 2. 用htseq-count对比对文件进行计数(htseq-count) htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union input.bam path/gtf > counts....