Known motif基于已有转录因子数据库的motif结果,比对本次的peak有没有在这些已有的研究motif上富集;homer result是指利用所有的peak从头(de novo)计算得到motif,然后会比对已有转录因子数据库的motif,看比对率最一致的是哪个(bestmatch)。两者不一定一致(因为motif序列是一组序列模式,相似的序列可能会被归为同一个motif...
homerResults.html : 重新预测的motif 的富集结果 homerResults/ directory: 对应homerResults.html中结果 knownResults.html : 已知motif 的富集结果 knownResults/ directory: 对应knownResults.html 中结果 homerResults.html输出示例 输出结果按照p-value排序,最后一列是一个链接到motif文件的超链接,可以从这个文件中...
T:#(%) - 包含motif的目标数据序列数除以目标数据序列总数 B:#(%) - 包含motif的背景序列数除以背景序列总数 P:# - 富集 p-value 用逗号分隔Motif统计量, example: Tpos:100.7,Tstd:32.6,Bpos:100.1,Bstd:64.6,StrandBias:0.0,Multiplicity:1.13 Tpos: motif在目标序列中的平均位置 (0 = start of sequenc...
Homer这个软件比较强大,主要做ChIP-Seq分析,除此之外,还可以做RNAseq以及microarray的分析,并且还可以计算共表达基因中的motif。 原文:http://homer.ucsd.edu/homer/motif/rnaMotifs.html Analyzing Co-regulated Gene Lists for RNA motifs 主要用到homer中的findMotifs.pl命令:findMotifs.pl可以分析基因的启动子,并...
HOMER是一套基于 C++ 和 Perl 语言的用于 motif 查找和二代数据分析的工具,一般需要两个序列作为参数: ● 参考序列:hg19、mm10 等基因组序列、promoter 序列、自定义的FASTA 序列 ● 所要分析的序列:DNA 或 RNA 序列 HOMER 适用于在大规模数据中寻找 DNA 或 RNA 序列的 motif。
homer出新功能了,能够根据你的目标序列生成background control,这个在motif这种假阳性极高的分析里至关重要。 1 2 3 condainstallbioconda::homer=5.1 homer2 background -p DMSO_SOX9.29024.forMotif.bed -g genome.fa -o SOX9.homer2.background
HOMER预测Motif 需要的两个序列集 HOMER 分析基本步骤： 1. 预处理 1.1 提取序列 (findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl) 提供的数据是基因组位置信息，就需要提取对应的DNA信息；提供基因号时，需要选择启动子区域。1.2 背景选择 (findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl) 未指定背景序列时，...
HOMER是一套基于 C++ 和 Perl 语言的用于 motif 查找和二代数据分析的工具,一般需要两个序列作为参数:● 参考序列:hg19、mm10 等基因组序列、promoter 序列、自定义的 FASTA 序列● 所要分析的序列:DNA 或 RNA 序列HOMER 适用于在大规模数据中寻找 DNA 或 RNA 序列的 motif。那什么是 motif 呢?motif:反复出...
之后的⼯作就是在已知的motif中去查找相类的motif。这⾥的已知motif不是来⾃于任何数据库，⽽是由作者从发表的ChIP-Seq实验中收集的。HOMER⽐较适合分析长度8以上的motif。HOMER还可以进⾏有倾向性的motif搜索，这需要使⽤到参数opt 。⽐如：peaks.txt hg18r OutputDirectory -opt motif1.motif -len...
主要用到homer中的 findMotifs.pl 命令：findMotifs.pl 可以分析基因的启动子，并寻找相对于其他启动子而言富含目标基因启动子的motif。即提供一个基因list的txt文件，例如受到某一处理上调的基因，特定于某种细胞类型的基因或出现在同一基因表达集合中的基因。用法：findMotifs.pl downregulated.genes.txt ...