hmmfetch: 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型; hmmpress:格式化HMM数据库,以便于hmmscan搜索使用; hmmstat: 显示HMM数据库的统计信息; 关于hmmscan的详细用法可以参见http://boyun.sh.cn/bio/?p=1758#more-1758 构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台,可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等...
步骤1 :首先要对HMM数据库进行格式化(包括压缩以及创建索引),很快会完成。/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmpress Pfam-A.hmm 步骤2:用hmmscan将蛋白序列去搜索HMM数据库 /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmscan...
产生的结果$i.e.fa文件,将序列随机挑选去interproscan验证,发现假阳性居多,因此检测版本重点关注在构建hmm文件的query序列上,原版本将round1的整个序列进行构建,验证版本使用domina的序列,也就是round1结果的部分序列,最后查看结果,并验证假阳性。 修改过后的代码(OK版本): hmmsearch --domtblout $i_round1_hmm....
其中我们常用的也只有hmmsearch、hmmbuild、hmmscan、hmmalign hmmer之hmmsearch用法翻译 用法:hmmsearch 参数hmm文件 序列数据库Basic options:-h : show brief help on version and usage基本用法:-h :显示版本和用法的简要帮助信息 Options directing output:输出定向选项 -o <f> : direct output to file <f>, ...