hmmscan还有很多参数可供使用,包括控制输出的参数,比如-o, 将比对结果输出到指定文件,通过指定E-value, bit score控制搜索结果,–cpu指定使用的cpu数目,–qformat指定输入蛋白质序列的格式等,可以使用-h参数参看参数帮助说明。 hhsearch hhsearch是基于HMM-HMM comparison算法实现的,鉴定蛋白质包含的结构域的命令行软件...
ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam33.1/Pfam-A.hmm.gz gzip -d Pfam-A.hmm.gz # 得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件,需要将其变成二进制格式,以加快运算速度,同时进行压缩,并建立成索引数据库。 hmmpress Pfam-A.hmm 3.使用hmmscan 进行Pfam注释 Pfam 数据库中每个编号代表一...
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pfam网站的search,使用的也是这个网站 https://www.***.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan 界面如下: 使用同一批序列,尝试上述两种参数。结果是:gathering threshold的阈值是比上 述设置的E值要更严格的。当然,E值是可以根据需求调整的。 00分享举报您可能感兴趣的内容广告 Excel做员工培训系统 Excel做员工培训系统...
软件名称 批量解析HMMscan结果数据软件 软件简称 - 版本号 V1.0 登记号 2018SR614273 分类号 - 著作权人 安阳工学院 首次发表日期 - 登记日期 2018-08-03 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 1 2023-12-14 序列标识符对应关系获取软件 - 2023SR1638957 V1.0 2 2023-12-14 串联...
【名称】:游戏王/Yu-Gi-Oh!【作者】:高桥和希【出版社】:东立【上传空间】:百度云盘【档案大小】:未统计,每卷60兆到70兆【简介内容】: 《游戏王》是由 ...
使用HMMER网站的hmmscan pfam网站的search,使用的也是这个网站 https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan 界面如下: hmmscan界面.png 上传蛋白fasta文件 (会跳出一个框要求输入邮箱,填好) 根据需求选择数据库,默认是pfam 设置阈值,默认是gathering threshold ...