可以自己拿不同物种已知的PME蛋白序列,用TBtools 的MUSCLE Wrapper或者其他多序列比对软件,得到的比对结果(无需注意比对结果格式,兼容几乎所有多序列比对格式,如Fasta,Clustal,PAML等),直接用作输入。 HMM库,比如整个Pfam_A.hmm数据库,当然也可能是某几个感兴趣的保守结构域的HMM。 而对于输入文件二,简单,反正就是...
可以自己拿不 同物种已知的 PME 蛋白序列,用 TBtools 的 MUSCLE Wrapper 或者 其他多序列比对软件,得到的比对结果(无需注意比对结果格式,兼 容几乎所有多序列比对格式,如 Fasta,Clustal,PAML 等),直接用 作输入。 3. HMM 库,比如整个 Pfam_A.hmm 数据库,当然也可能是某几 个感兴趣的保守结构域的 HMM。 而...
进行hmmer隐马尔可夫模型有三种方法 一.tbtools 我们的老朋友了,简单还用还免费 1.蛋白序列集合,fasta格式,可以是某个物种的所有蛋白序列,如拟南芥 2.Pfam-A.hmm, 这个是pfam数据库的所有模式数据库,下载并解压即可,可长期使用,请保持定期更新,具体下载链接是 InterProwww.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/#ta...
excel表可以做到 使用TBtools提取候选id的蛋白序列 使用TBtools提取序列.png 验证结构域 Pfam http://pfam.xfam.org/ SMART http://smart.embl-heidelberg.de/# Single模式支持没找到结果就预测并返回。而Batch模式,则只支持数据库中已收录结果的返回 使用sequence analysis 模块,批量搜索入口在问号里。TBtools 有个插...
一般TBtools 用户只需要看 XLS,打开就知道了 堪称完美!这个格式,可以直接用于结构域可视化。毕竟是 TBtools 用不,应该知道怎么获取对应序列的序列长度,然后用 Simple BioSequence Viewer 或者 Advanced Gene View 做可视化。 我鼓捣鼓捣,大概是这样一张图
一般TBtools 用户只需要看 XLS,打开就知道了 堪称完美!这个格式,可以直接用于结构域可视化。毕竟是 TBtools 用不,应该知道怎么获取对应序列的序列长度,然后用 Simple BioSequence Viewer 或者 Advanced Gene View 做可视化。 我鼓捣鼓捣,大概是这样一张图
TBtools TBtools 软件我没什么没有Advanced Hmmer Search插件 是版本问题吗? 别人的 [图片] 下面这个是我的 [图片]显示全部 关注者1 被浏览21 关注问题写回答 邀请回答 好问题 添加评论 分享 暂时还没有回答,开始写第一个回答 下载知乎客户端 与世界分享知识、经验和见解 相关问题...