如果你需要查找同源基因的domain编号并使用HMMER进行同源基因筛选,你需要前往INTERPRO下载HMM文件。以下是详细的步骤: 打开INTERPRO网站,点击PFAM图标。 搜索你需要的domain。 进入页面后,点击“Curation”。 选择“Download”下载HMM文件。 如果你还需要seed文件,在第三步点击“Alignment”,然后选择“Seed”进行下载。通过...
最近pfam 网站关闭了,合并到interporo里面,如果你要去找同源基因domain的编号和用hmmer筛选同源基因就要去interpro下载hmm文件。 Pfam is now hosted by InterPropfam-legacy.xfam.org/ 1.打开interpro,点击pfam图标 InterPro (ebi.ac.uk)www.ebi.ac.uk/interpro/ 2.搜索你要的domain 这里以第一个为实...
网页:Fasta to Phylip Converter, choose file and convert it now 3.使用hmmbuild构建.hmm文件 hmmbuild Pfam.hmm pfam.sto 使用Hmmer寻找同源基因 - 知乎 除了以上还有一个办法 1.搜索doamin hmmsearch --cut_tc --domtblout output.txt TPC.hmm protein.faa 2.用ClustalW比对 3.建立hmm hmmbuild pfam.hmm ...
按照这个过程,我可以检索一些HMM,但是我必须在keyfile中指定名称。这种方法不方便,因为我必须检索原始文件中存在的所有HMM。 我尝试做的下一件事是使用以下命令将原始文件拆分为单个文件: csplit --digits=2 --quiet --prefix=hmm Pfam-A.hmm "///+1" "{*}" 将文件拆分为单独的文件非常有效,我唯一不知道的...
马尔可夫数据文件
问如何从配置文件隐马尔可夫.hmm文件中提取完整的文本块EN我目前正在使用一种基于隐马尔可夫模型的方法来...
不知怎么可以做到呢？方法2，把三个文件cat合并在一起，得到all.hmm文件，直接用hmm搜索；但是得到的...
怎么把数据库下载（IMG PFAM）的FASTA文件转换成HMM文件（hmm模型），我看这个好像还需要进行多重序列比对...
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/
韩国最大、全球第八大集装箱运输公司HMM,宣布与电子贸易文件解决方案供应商CargoX建立战略合作伙伴关系。此次合作在HMM数字服务平台上引入了电子提单(eBL)功能,旨在实现eBL工作流程的现代化和简化,提高全球贸易单据的效率和安全性。eBL文件生命周期包括传输、移交和文件接收等功能,确保为所有等效的纸质功能提供全面支持。每...