HMDB数据库是指人类代谢物数据库(Human Metabolome Database),是一个包含了人类生物体内代谢产物的综合性数据库。该数据库收集了人体内的代谢产物及其相关信息,包括化学结构、物理化学性质、生物活性、代谢途径以及与疾病关联等信息。 2. HMDB数据库提供了哪些信息? HMDB数据库提供了大量的有关人体代谢物的信息。它包括...
1. 首先从项目报告中数据矩阵找到代谢物的Compound ID(以HMDB开头的为HMDB数据库的代谢物号); 2. 然后将该ID号输入到HMDB网站的问询栏中,就会出现该物质的相关信息。 以Xanthosine(HMDB0000299)为例: (1)首先可以获取基本信息:代谢物名称、描述、结构式、分子式、分子量、CAS号等,其中代谢物描述可以重点看下,...
其中文本搜索是最常用的搜索手段,通过输入代谢物完整英文名称或者HMDB编号,从而精准搜索出该物质并获取其他详细信息。 在迈维代谢交付的代谢组学数据中,物质会对应有“HMDB”一列信息,该内容即为各物质在HMDB数据库中对应的编号,我们可以通过将该编号复制到HMDB...
Sequence Search:允许用户对HMDB中包含的5,702个基因和蛋白质序列进行BLAST序列搜索。支持单序列和多序列查询。 Advanced Search:用户可以选择或搜索子字段的各种组合。高级搜索是易于使用的关系查询搜索工具, MS Search:允许用户提交质谱文件(MoverZ格式),将根据HMDB的LC-MS / MS谱库进行搜索,这样可以通过LC-MS / MS...
人类代谢组数据库(www.hmdb.ca)是一个基于Web的代谢组学数据库,其中包含有关人类代谢物及其生物学作用,生理浓度,疾病关联,化学反应,代谢途径和参考光谱的全面信息。 2007年,HMDB被认为是人体代谢研究的标准代谢资源。在过去的十年中,HMDB继续增长和发展,以响应代谢组学研究人员的新需求和网络标准的持续变化。2018年...
HMDB数据库(Human Metabolome Database)是一个包含人类代谢物的综合数据库,提供了丰富的代谢物信息以及其相关的生物信息。本文将逐步展示如何使用Python下载和解析HMDB数据库,整个过程会涵盖环境预检、部署架构、安装过程、依赖管理、扩展部署和最佳实践多个方面。
Python访问HMDB数据库 为了使用Python访问HMDB数据库,我们需要安装requests库。可以通过以下命令安装: AI检测代码解析 pipinstallrequests 1. 接下来,我们可以通过简单的代码示例来访问HMDB数据库,获取某个代谢物的信息。 示例代码 以下是一个获取代谢物信息的简单示例: ...
人类代谢组数据库(www.hmdb.ca)是一个基于Web的代谢组学数据库,其中包含有关人类代谢物及其生物学作用,生理浓度,疾病关联,化学反应,代谢途径和参考光谱的全面信息。 2007年,HMDB被认为是人体代谢研究的标准代谢资源。在过去的十年中,HMDB继续增长和发展,以响应代谢组学研究人员的新需求和网络标准的持续变化。2018年...
HMDB(人类代谢组数据库)收录了很多代谢组的数据,用于代谢组学、临床化学、生物标志物开啊和基本教育等。数据联通化学、临床、分子生物学3个层次,共有114,099个代谢物。 网站提供了多种浏览和查询功能,可以关注不同的疾病、通路、BMI、年龄、性别相关代谢组学。
HMDB数据库打不开的原因可能包括:服务器问题、网络连接问题、浏览器兼容性问题、DNS解析问题、用户权限问题。 服务器问题是最常见的原因之一,可能由于维护、过载或其他技术故障导致。比如,服务器过载时,用户可能会遇到页面加载缓慢或完全无法访问的情况。网络连接问题也