多数人的两条HLA-A是不同的,为杂合子;只有少数HLA-A基因为纯合子。与HLA LOH不同的是,杂合子只表现为HLA基因的杂合性。 根据权威研究结论[5],HLA-I类杂合子定义为HLA-A/B/C三者中所有位点均为杂合状态,而至少一个位点为纯合状态则定义为HLA-I类纯合子。相比杂合子而言,HLA-I类纯合子的肿瘤患者与...
在肿瘤进化及治疗压力下肿瘤细胞HLA-I类基因出现杂合性缺失(LOH)。HLA-I LOH导致HLA多样性降低、HLA编码产物的表达下降,HLA识别新生抗原介导的免疫监视功能削弱,最终导致肿瘤细胞的免疫逃逸。为了解HLA-I LOH在肿瘤发生和治疗中的作用,...
LOHHLA是一种从测序数据中确定HLA等位基因特异性拷贝数的计算工具。应用LOHHLA技术,发现40%的非小细胞肺癌(NSCLCs)中存在HLA LOH,并与较高的亚克隆新抗原负荷、APOBEC介导的突变、细胞杀伤活性的增强和PD-L1的阳性表达有关。HLA-LOH变异的局灶性、亚克隆频率、转移部位的富集和平行事件的发生提示,HLA-LOH是一种...
该团队对100个肺癌病人数据使用这种方法进行分析检测HLA LOH,将拷贝数变化在癌症进化中进行定位分析,发现HLA LOH的发生在肺癌进化过程中是被强烈选择的;同时该团队对这些发生LOH的HLA等位基因与新抗原亲和力进行计算,结果表明这些发生LOH的区域有更强的亲和力,因此这些...
HLA LOH阳性代表着HLA基因存在杂合性缺失或功能完全缺失。由于HLA的功能是呈递新生抗原到细胞表面,供T细胞识别的,故一旦功能部分或者完全缺失,会导致抗原呈递能力缺失,免疫系统无法识别肿瘤的情况,即肿瘤易于免疫逃逸,也就是说这个患者可能存在对免疫药物耐药的风险。 HLA是怎样检测的? HLA检测分为两个层面,一个是患者...
LOHHLA依赖于5步，(1)比对到HLA基因组区域和6号染色体的肿瘤和种系(normal)的reads(包括contigs)被提取。(2) 通过比对肿瘤和种系(normal)reads到病人特异的HLA等位(Polysolver [Shukla et al., 2015] or Optitype [Szolek et al., 2014]可以获得)上，产生HLA等位特异的.bam文件。(3)同源的HLA...
目前研究显示,肺癌中HLA LOH是一种常见的免疫逃逸机制。M1病灶中PD-L1表达水平TPS ≥1%、TMB为15.2 muts/Mb,但是HLA LOH。通过该案例,我们可以发现仅将TMB作为免疫治疗疗效评估的生物标志物仍然存在不足。最近的一项研究表明,HLA校正的TMB比传统的TMB能够更好的预测免疫治疗的疗效;采用这种方法,P、M1和M2病灶校正...
【全分辨率HLA分型和HLA杂合性缺失(LOH)检测】9月25日,@香港城市大学 李帅成教授团队在Cell Press期刊Cell Reports Methods上发表新文O网页链接。研究组介绍了一个新的软件包SpecHLA,该软件可以基于测序数据实现全分辨率HLA分型和HLA杂合性缺失(LOH)检测;可以重构HLA基因的双倍体全长序列;可以接收二代测序、三代...
HLA LOH强阳性表示()A.HLA-A/B/C的三个基因同时发生杂合性缺失 B.HLA-A/B/C的三个基因中的1个基因发生杂合性缺失 C.HLA-A/B/C的三个基因中的2个基因发生杂合性缺失 D.以上三项均包括点击查看答案 广告位招租 联系QQ:5245112(WX同号)
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