这就要依靠长末端重复序列(LTR)来发挥作用。 HIV基因组两端的长末端重复序列的排列方式是相同的,从3’端到5’端依次有三个片段区域,分别是U3区、R区和U5区。但在vRNA中,LTR是不完整的,两端都是LTR的R区,LTR在病毒DNA(viral DNA,vDNA)中才是完整的。在第一次链转移之前,vRNA上与(-)-sssDNA形成碱基互补...
Triple NF-kB binding sites and LTR sequence similarities in HIV-1C isolates irrespective of helminth co-infection. Parasit Vectors. 2014; 7 :204. doi: 10.1186/1756-3305-7-204. doi:10.1186/1756-3305-7-204. [ Cross Ref ]Mulu A, Maier M, Liebert UG: Triple NF-kB binding sites and ...
图源于:https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/MAP/landmark.html,有修改 2013年,德国红十字血液中心研究显示,针对单一位置(如LTR)设计引物/探针的RNA试剂,可能低估病毒载量,甚至漏检[8]。因此,为了减少低估甚至漏检HIV的风险,德国保罗-埃利赫研...
由于HIV-1逆转录发生在细胞质中,因此检测了没有NLS的Cas9(Cas9-delNLS)不位于细胞核内,是否也能够裂解细胞质中新合成的HIV-1 DNA,从而抑制HIV-1感染。 注:NLS,核定位序列(Nuclear localization sequence)——蛋白质的一个结构域,通常为一短的氨基酸序列,它能与入核载体相互作用,使蛋白能被运进细胞核。缺失NLS...
使用Proviral Sequence Annotation & Intactness Test(ProSeq-IT)(https://psd.cancer.gov/tools/tool_index.php)和洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV序列数据库的公共“Gene Cutter”和“Hypermut”网络工具进行接近全长(NFL)嵌合病毒基因组分类。 嵌合病毒基因...
下一代测序(Next Generation Sequence, NGS)检测通量高,可精确检测到只发生在1%的HIV-1毒株中的耐药性突变,极大程度提高了检测的灵敏度。几项研究表明,基于NGS的HIV耐药检测在20%检测阈值时与Sanger测序高度一致。因此,利用潜在的改进效率,增加可扩展性、降低成本和提高灵敏度,许多实验室正在转向用NGS检测HIV耐药性。
Cepheid Xpert HIV-1 Qual Assay是GeneXpert平台上的HIV定性检测产品,检测靶标是LTR,可应用于100ul全血或者干血斑标本,检测时间约90分钟,该产品是采用全自动化全封闭系统实时定量PCR检测技术,其特点是使用简单、检测速度快、安全可靠和结果准确,从2016年就开始在肯尼亚用于婴儿HIV诊断[11]。Xpert HIV-1 Qual XC As...
使用Proviral Sequence Annotation & Intactness Test(ProSeq-IT)(https://psd.cancer.gov/tools/tool_index.php)和洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV序列数据库的公共“Gene Cutter”和“Hypermut”网络工具进行接近全长(NFL)嵌合病毒基因组分类。 嵌合病毒基因组按以下顺序进行分类:(1)“反转”:指内部序列反转的存在,定义...
Notably, although low oxygen reduced wild-type (WT) LTR activity it had no effect on the LTR HRE mutants (Fig. 5c), suggesting a role for this motif in regulating the promoter activity under a hypoxic environment. Although the mutated LTR sequences showed reduced activity under normoxic ...
Cellular specificity of HIV-1 replication can be controlled by LTR sequences - ScienceDirect Two well-established determinants of retroviral tropism are envelope sequences that regulate entry and LTR sequences that can regulate viral expression in ... E Reed-Inderbitzin,W Maury - 《Virology》 被...