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Name Last commit message Last commit date Latest commit Cannot retrieve latest commit at this time. History 1,500 Commits docs docs_jhu evaluation example hisat2.xcodeproj hisat2lib li_hla msvcc scripts third_party .gitattributes .gitignore ...
一、官网下载软件及安装: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 在Download页面,可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件),省去了后续的一些小麻烦。 下载完后unzip进行解压,一开始报错: 原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本...
3. Ballgown (github.com/alyssafrazee)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而 DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 2...
接下来我们进行序列比对,利用的软件是Hisat2。 一.index文件下载 index文件直接去官网下载 (http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/),我测序的组织来自小鼠,所以我这里下载的是小鼠的。 下载完后上传到Linux服务器,解压后就可以直接用了。
官网:https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 多平台:支持Linux和MacOS 编程语言:C++ 2发表文章 题目: Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype 期刊:Nat Biotechnol 日期:2019/8 作者&单位:Daehwan Kim & University of Texas Southwestern Medical Center、Johns Hopkins ...
HISAT2官网https://daehwankimlab.github.io/hisat2/HISAT2 下载https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/BinariesVersion: HISAT2 2.2.1Release Date: 7/24/2020 Source https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/fE9QCsX3NH4QwBi/download...
hisat2 github https://github.com/andreaminio/AnnotationPipeline-EVM_based-DClab 一、安装 conda create -n rnaseq -c bioconda hisat2 二、使用 HISAT2 index building for reference hisat2-build -p 16 genome.fa genome Usage: hisat2-build [options]* <ref_in> <ht2_index_basename> ...
https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 在Download页面,可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件),省去了后续的一些小麻烦。 下载完后unzip进行解压,一开始报错: 原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本,下载的hisat2-2.1.0后...
首先，Hisat2是一款专为转录组数据设计的短序列比对工具，是其前辈Hisat的升级版。它通过优化索引构建和比对策略，相较于Bowtie/TopHat2等软件，提供了更高的敏感性和更快的处理速度。访问其详细信息可至：daehwankimlab.github.io/...安装和使用方面，Hisat2有多种途径。可以使用conda进行安装，命令...