conda install hisat2 这条命令会从Bioconda仓库中查找并安装HISAT2。 执行命令,等待安装完成 执行上述命令后,Conda会开始下载并安装HISAT2及其依赖项。这个过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络速度和系统性能。 验证hisat2是否成功安装 安装完成后,你可以通过运行HISAT2的命令行工具来验证它是否成功安装。
001、系统 root@DESKTOP-IDT9S0E:~#lsb_release -aNo LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubuntu20.04.5LTS Release:20.04Codename: focal 02、使用conda 安装 hisat2软件 conda install -c bioconda hisat2## 等待安装完成 03、测试软件 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~#hisat2 ...
6. 创建生信环境 若是你担心自己base环境被破坏,那么就安装自己对于的小环境即可。 ##创建环境condacreate-nenv_namepython=x.x##删除环境condaremove-nenv_name-all##激活condaactivateenv_name##sourceactivateenv_name##关闭condadeactivate 查看环境中的软件 #查看指定环境下安装的package##查看指定环境下安装的p...
二、Hisat2的下载与安装 Hisat2的安装方法比较多,下面介绍两种常用的方法,第一种方法是通过conda安装,命令如下: $ conda install -c bioconda hisat2 ##conda 安装命令 第二种方法是从官网下载安装包并安装,以2.2.1.0版本为例,命令如下: $ wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/his...
常用的两种方法,第一种是通过conda进行安装: 第二种是在官网下载安装包并进行安装 为了方便使用,可以通过如下命令修改用户的环境变量。 转录组数据的比对 这里我们一共需要准备三个数据: 1、参考基因组(基因组序列:genome.fasta;注释文件:genes.gtf):
conda install hisat2 四、hisat2 index建立 1.直接下载 直接在网站http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#index下载已建好的index 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget-c https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/grch38_genome.tar.gz ...
定义三个文件夹:index索引、inputdir输入文件夹、out输出文件夹。这一步需要激活conda环境。 单个样本比对 ## 单个样本比对,步骤分解index=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Hisat2Index/GRCh38.dnainputdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/data/cleandata/trim_galore/outdir=$HOME/project/Human-16-Asthma...
二、Hisat2的安装 方法一：使用wget命令下载安装包，解压后配置环境信息。 方法二：利用conda命令在miniconda3或anaconda环境下进行安装。三、Hisat2索引的构建 准备基因组序列文件作为输入数据。 若使用.gff文件进行额外处理，需通过hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py脚本转换外显...
一、安装 conda create -n rnaseq -c bioconda hisat2 二、使用 HISAT2 index building for reference hisat2-build -p 16 genome.fa genome Usage: hisat2-build [options]* <ref_in> <ht2_index_basename> PE reads alignment(分不同组织分别运行) ...
conda install -c bioconda hisat2 注意:使用该方法安装的前提你预先安装了miniconda3或anaconda 二:下载基因组文件(.fan格式)(以human为例) 下载地址:Genome List - Genome - NCBI (nih.gov)如果是人类就在该页面搜索human 点击Homo sapiens wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/...