sam Error: Read E120-1.14.2 14 length=150 has more read characters than quality values. terminate called after throwing an instance of 'int' (ERR): hisat2-align died with signal 6 (ABRT) (core dumped) 在网上搜索是因为文件里的reads双端不一样长,检查文件也没有问题 解决方法:用bwa比对...
-1 $id -2 ${id%_*}_2.clean.fq.gz \ 2>${id%%_*}.hisat2.log \ |samtools sort -@ 16 -o ${id%_*}_ht2p.bam done srun:ROUTE:split_hostlist:hl=c09r3n13 tree_width0srun:ROUTE:split_hostlist:hl=c09r3n13 tree_width0/opt/gridview/slurm/spool/slurmd_c09r3n13/job1078767/slur...
几分钟之后报错了: (ERR): hisat2-align died with signal 11 (SEGV) (core dumped) github 上有人在 HISAT2 项目中报告过这个错误,虽然没有最终讨论出解决办法,但是都觉得跟建索引不完整有关,或许与建索引时候的警告有关。我查了一些资料,综合 biostar 和 SEQanswer 中的讨论,建立索引时遇到的警告是由于...