git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o...
手动安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o...
它不但能输出primary assembly result,还能分别组装出单倍体(haplotype)基因组的组装结果。 今天的分享就从hifiasm的组装开始,其他的组装软件之后也会介绍到。 可用资源 文章地址:https://www.nature.com/articles/s41592-020-01056-5 GitHub地址:https://github.com/chhylp123/hifiasm 官方教程:https://hifiasm.rea...
GitHub地址:https://github.com/chhylp123/hifiasm 官方教程:https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html 洲更学长的笔记:https://xuzhougeng.top/archives/assemble-hifi-pacbio-with-hifiasm 软件安装 hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 ...
# 安装hifiasm(需要有g++和zlib)git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm&&make # 用conda安装 conda install-c bioconda hifiasm # 直接使用集群module module load hifiasm/0.19.9#用测试数据运行(用-f0来处理较小的数据集)wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4
GitHub地址:github.com/chhylp123/hi 官方教程:hifiasm.readthedocs.io/ 洲更学长的笔记:xuzhougeng.top/archives 软件安装 hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 conda install hifiasm 运行hifiasm 纯PacBio HiFi组装 把命令写到一个名为run_hifiasm.sh的脚本里 vim run_hifiasm.sh 只要填入最基本的 ...
GitHub地址:https://github.com/chhylp123/hifiasm 官方教程:https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html 洲更学长的笔记:https://xuzhougeng.top/archives/assemble-hifi-pacbio-with-hifiasm 软件安装 hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 ...
gitclone https://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifisam&&make conda(推荐) condainstall-c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only