绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz # no need haplotype hifiasm --primary -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz # -l:0:没有对组装去冗余,组装结果包括全部组装出来...
摘要 尽管长读长测序技术取得了进展,但构建接近端粒到端粒的组装仍然在计算上具有挑战性。在这里,我们介绍了 hifiasm (UL),这是一种高效的去卷积组装算法,结合了多种序列技术,以扩大人群范围内接近端粒到端粒的组装。该算法应用于22个人类和两个植物基因组,以比现有方法低一个数量级的成本产生了更好的二倍体组装...
一般来说,用hifiasm组装基因组,纯合材料用- l0,非纯系材料,比如我们做园艺果树的,尽量是希望分出来两个单倍型,所以参数-l3,当然,分出两个单倍型,是默认参数,所以默认可以不设置。 两个模式大体输出结果如下图: 可以看出来,区别在于前者多输出了一个a_ctg而后者则多输出了hap1.p_ctg和hap2.p_ctg 逻辑上,看...
HiFi reads(High fidelity reads)是PacBio测序在CCS(Circular Consensus Sequencing)模式下产生的具有长读长和高准确度的测序序列。在CCS模式下,酶读长与CLR测序模式相当甚至更长(超过100 Kb),但插入片段只有10-20 Kb。因此,测序时酶会绕着DNA模板(插入片段)进行滚环测序,即插入片段会被多次测序。这样,单次测序中...
于是乎我用我自己手头的HiFi数据在学校的HPC上做了个测试,保持其他的参数不变,仅改变HiFi数据输入的顺序: hifiasm \ -o test1 \ -t 40 --h1 hic_R1.fastq.gz \ --h2 hic_R2.fastq.gz \ hifi_reads1.fastq.gz \ hifi_reads2.fastq.gz \ ...
用得非常之多的一款组装软件。安装容易,使用简便,默认参数跑就完事。hifiasm 拼接快速,更好应对重复片段,产生组装集质量高。 基于Hi-C可以产生单倍型分辨率的组装集。 hifiasm组装后不需要polish,简化了组装流程,大大节省了时间。 一、安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifiasm && make ...
老师您好。hifiasm初步组装结果比预估大10%,也就是100M。我分别用purge_dup和nextpolish进行了分析。purge_dup直接移除了一个40M的contig。nextpolish把每条大的contig都删去了6-10M左右。两个分析的结果虽然各有优劣,但都还是不理想。可以先用purge_dup去冗余,然后再用nextpolish进行polish吗,或者相反的顺序。
Hifiasm purges haplotig duplications by default. For inbred or homozygous genomes, you may disable purging with option-l0. Old HiFi reads may contain short adapter sequences at the ends of reads. You can specify-z20to trim both ends of reads by 20bp. For small genomes, use-f0to disable...
参数选择可参考知乎作者: 强强学生信(https://zhuanlan.zhihu.com/p/567999880) 本研究泥鳅二倍体基因组故选择参数为“-l 2 -n 4” 也可以默认参数(推荐默认参数跑一下试试): bsub -J hifiasm -n 20 -R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -q normal "hifiasm -o genome -t 16 -l 2 -n...