·HiFi测序：以高准确性和适中的读长（最长可达25kb）著称，适合需要高精度的应用，如基因组组装、复杂变异检测和表观遗传学研究。· ONT测序：以超长读长（可达数百万碱基）为优势，适合解析超长的基因组区域，如着丝粒和复杂的重复序列。将HiFi测序与ONT测序相结合，可以充分发挥两者的优势，实现更全面的基因组解析。
Hifi和ONT; Hi-c, nanopore有什么区别 Hifi和ONT 有什么区别分类: 生信 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 小鲨鱼2018 粉丝- 138 关注- 24 会员号:2227 +加关注 0 0 升级成为会员 « 上一篇: c语言中多个变量连续赋值 » 下一篇: c语言中函数体中的变量声明不能使用和形参相同的变量名 ...
在这项研究中,T2T联盟利用长读长测序PacBio Hifi及ONT,完成了人类基因组中最后8%剩余区域的测序。该区域正是此前20年来,短读长测序始终无法解决的区域。 2023年5月,首个人类泛基因组草图于Nature公布。其中,PacBio HiFi和ONT的长读长测序数据,使得新的基因组参考图谱能够更清楚地发现结构变化。 目前,长读长测...
依赖于蛋白质参考数据库翻译比对的方法在HiFi数据集中比ONT数据集中分配了更多的reads,包括MMseqs2 (HiFi: 94-99%;ONT: 46-67%)和MEGAN-LR-prot (HiFi: 71-74%;ONT: 60–62%) ,因为即使是稍微高一点的错误率也会对翻译比对产生负面影响。针对MMSeqs2分析方法,ONT R10.3数据集中分配的reads数比Q20数据集中...
如果ont数据是采用nextdenovo组装的，可以试着用 hifiasm再组一次。hifi数据普遍会比ont数据更碎一些，...
ONT超长测序和HiFi测序相结合,完成拟南芥高质量近完成图基因组组装,为其他物种构建T2T基因组提供测序方案和组装策略,为进一步研究着丝粒区域及重复区域的基因组结构特征提供基础。 参考文献: Wang B, et al. High-quality Arabidopsis thaliana Genome Assembly with Nanopore and HiFi Long Reads. Genomics Proteomics Bio...
目前，ONT超长数据的获取相对昂贵，并且需要大量的起始DNA。许多测序项目不会生成ONT超长数据，而是选择单独使用HiFi数据。将HiFi与远距离数据（如trio、Hi-C或Strand-seq）相结合，也可以产生一对高质量的单倍型分型的组装。对于杂合基因组，verkko和hifiasm都可以整合PacBio-HiFi、ONT超长和Hi-C数据，并可以解析人类...
目前对二倍体样品的T2T组装策略依然集中在HiFi数据结合ONT超长、Trio和Hi-C数据。作者提出Trio数据可以对基因组进行准确的分型,但没有亲本样品时也可以利用Hi-C测序技术。 对于纯合基因组,端粒到端粒组装的最可靠解决方案使用PacBio-HiFi数据和ONT超长数据,目前,单独使用HiFi数据就可以实现纯合基因组的良好组装。Verkko...
目前,ONT超长数据的获取相对昂贵,并且需要大量的起始DNA。许多测序项目不会生成ONT超长数据,而是选择单独使用HiFi数据。将HiFi与远距离数据(如trio、Hi-C或Strand-seq)相结合,也可以产生一对高质量的单倍型分型的组装。对于杂合基因组,verkko和hifiasm都可以整合PacBio-HiFi、ONT超长和Hi-C数据,并可以解析人类染色体单...
目前,ONT超长数据的获取相对昂贵,并且需要大量的起始DNA。许多测序项目不会生成ONT超长数据,而是选择单独使用HiFi数据。将HiFi与远距离数据(如trio、Hi-C或Strand-seq)相结合,也可以产生一对高质量的单倍型分型的组装。对于杂合基因组,verkko和hifiasm都可以整合PacBio-HiFi、ONT超长和Hi-C数据,并可以解析人类染色体单...