分析重点为交互频率随着距离增加的衰减情况,Hi-C实验获得的染色质相互作用频率在一个给定范围内一般随着距离的增大而衰减,一般使用交互衰减指数(IDEs)来描述。我们可以观测每个样本单条染色体或每个样本整体的交互频率随着距离衰减的情况,同时,若存在多个样本,可以对多个样本的IDE进行比较。 多样本相互作用强度随距离衰减图...
分析重点为交互频率随着距离增加的衰减情况,Hi-C实验获得的染色质相互作用频率在一个给定范围内一般随着距离的增大而衰减,一般使用交互衰减指数(IDEs)来描述。我们可以观测每个样本单条染色体或每个样本整体的交互频率随着距离衰减的情况,同时,若存在多个样本,可以对多个样本的IDE进行比较。 多样本相互作用强度随距离衰减图...
2)多样本A/B组分聚类; 3)IDE分析; 4)全基因组定位分析; 5)全基因组定位分析聚类; 6)不同样本文库相关性分析。 图2 统计学相关分析结果展示 有了这么全的百宝箱,统计分析不用愁啦! 升级三 新增数据挖掘相关模块 在很多高分文章中,作者会利用新的计算方法和不同的分析角度对已发表数据进行数据挖掘,以补充现...
Hi〤 is a chromosome conformation capture (3C)‐based technology to detect pair﹚ise chromatin interactions genome﹚ide, and has become a benchmark tool to study genome organization. In Hi〤, chromatin conformation is first captured by chemical cross﹍inking of cells. Cells are then lysed and ...
图5 IDE 拟合曲线图 （a）染色体长短臂的衰减曲线；（b）近着丝粒区的衰减曲线；（c）整个染色体衰减曲线。5. A/B compartments分析 对Chr1和Chr4染色质进行互作强度分析，发现A/B compartments区域分别富集常染色质和异染色质的表观遗传标记（图6）。图6 水稻Chr1互作热图及对应的多种表观遗传标记物 6.TAD...
图5 IDE 拟合曲线图 (a)染色体长短臂的衰减曲线;(b)近着丝粒区的衰减曲线;(c)整个染色体衰减曲线。 5. A/B compartments分析 对Chr1和Chr4染色质进行互作强度分析,发现A/B compartments区域分别富集常染色质和异染色质的表观遗传标记(图6)。 图6 水稻Chr1互作热图及对应的多种表观遗传标记物 ...
图5 IDE 拟合曲线图 (a)染色体长短臂的衰减曲线;(b)近着丝粒区的衰减曲线;(c)整个染色体衰减曲线。 5. A/B compartments分析 对Chr1和Chr4染色质进行互作强度分析,发现A/B compartments区域分别富集常染色质和异染色质的表观遗传标记(图6)。 图6 水稻Chr1...
编译器仍然在MPLABX V4.05中工作，编译器和链接器在代码大小而不是IDE方面很重要。请记住，所有旧的...
通过Hi-C数据可以分析TAD,chromatin loops等染色质空间结构的基本单元,加强我们对染色质三维结构的认知。面对海量的Hi-C数据,如何高效完成数据分析成为了一个挑战。 目前针对Hi-C数据的分析也有很多的软件可以用,而juicer无疑是使用的最广泛的软件之一。该软件的源代码托管在github上,网址如下 ...
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